안녕하세여...^^
바이오통계를 공부하고 있는 학생입니다...
공부를 하다가 궁금한 점이 있어서 이렇게 고수님들에게 도움을 요청합니다..
부디 답변해주시면 고맙겠습니다..^^부탁드려여
유전자 데이타를 가지고 계층적(hierarchical)군집분석을 할때에 생기는 문제점이 무엇인지여?
가령 hierarchical clustering의 단점을 연관시켜 보았을때 문제점을 어떻게 이해 할 수 있을까여?
여러 고수님들의 답변 기다립니다.
그럼 안녕히 계세여^^
 yong27: 고수는 아니지만요.. 제가 알기론
군집분석시 계층적군집분석 보다는 k-means, SOM등이 더 많이 쓰이는
데, 그 이유는 계층적군집분석은 처음에 한 브릿지로 연결되어버리면,
거기서 헤어나지 못하고 그냥 묻혀버리기 때문입니다. 즉, 최초의 얼마
간 유사상때문에 묶이면, 그 이후 변화의 여지가 없다는 얘기죠. 따라
서 유사한프로파일(기능)을 갖는 유전자를 놓칠 우려가 있습니다. -[09/18-11:10]-
wooga: 답변 감사합니다...^^그런데....유사한 프로파일을 갖는 유전자를 놓칠
우려가 있다고 했는데...직관적으로 잘 감이 안와서 그러는데,,,좀더 설
명해주실 수 있을까여? 부탁드려여.... -[09/19-15:05]-
yong27: 위키페이지를 만들었습니다. 여기서 이야기하죠~
http://biohackers.net/wiki/ProblemOfHierarchicalClustering -[09/22-10:28]-
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예전부터 위키관련파일때문에 자주 들렀었는데
이번에 학교 수업중에 BI관련된 것을 발표할 기회가 생겼습니다.
일반인이 쉽게 느낄수 있는 그런 자료있으시면 추천해주시면 감사하겠습니다.
yong27: 일반인이 쉽게 느낄만한 자료는 저역시 갖고있지 않습니다만, 혹시 원
하신다면, 생물정보학 소개로 사용하는 PT파일을 보내드리겠습니다. -[09/18-11:04]-
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초등학생인데요..
숙제때문에.. 다리 7개 건너는거요.. 그거 어떻게 건너야 하나요
아까 보니까 무슨 그래프를 보라 했는데 잘 모르겠거든요..
그게 무슨 원리 인지
다른 숙제는 다했는데 그것만 못하고 있어요..
7개으 다리를 바다에 빠지지 않고 어떻게 한번에 갈수있는건지
엄마아빠가 3시간동안 끙끙대도 답이 안나와요..
알려주세요..알았죠..
그림으로만은 알수가 없네요..
yong27: http://biohackers.net/wiki/EulerPathProblem 페이지를 보고 왔군
요. 오일러경로문제라는 건데요. 그 7개의 다리 문제는 정답이 없어요.
즉 한번에 다 지나는 경로는 존재하지 않습니다. 오일러라는 수학자가
이 문제와 유사한것들을 풀다가 다음과 같은 결론을 내렸습니다. 홀수개
의 연결선을 가진 꼭지점이 2개이하인것만 한번에 다 지나는 경로가 있다
라고요. 그 그림은 홀수개의 연결선을 가진 꼭지점이 4개이므로, 그 경로
가 없습니다. -[08/21-01:15]-
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최근들어 wiki 사이트가 많아 지네요..^^
첫 인사 드리네요..
artificial life에 관심을 가지게 된지 얼마 안된 초짜 프로그래머 입니다.
막연하게 나마 environment simulation에 관심을 가지고 잇었는데,
우연히 다른 사이트에서 aritificial life에 대해 접하게 됐고,
이제 첫발을 내딧은 상태입니다.( 사실 한거 아무것도 없습니다. ㅡㅡ; )
참고서적을 찾다 보니 여기까지 오게 되었네요.^^
스터디의 수준이 왠지 첫발 내딧기에는 벅차다는 생각이 들기는 하지만..
그래도 참여 하고 싶은데,
괜찮을 런지 모르겠습니다.
그럼... ^^
 yong27: 반갑습니다. 스터디는 항상 열려있습니다. 대신 워낙에 생물정보학분야
가 방대해서, 분야가 좀 다를수도 있을듯싶네요~ 그래두.. 언제나 환영
입니다. -[07/11-16:02]-
장정식: 반갑게 맞아 주시니.. 감사 드립니다.
이것저것 준비를 해야하겠지요.. ?
혹시나 도움이 될만한 부분이 있으시면 알려주실수 있는지요..
^^
그럼 즐거운 주말 되시길 바라며.. -[07/12-16:49]-
indigoH: 음.. 시간이 꽤지났네요.. ^^
저도 Environmental Simulation에 관심이 많습니다.
일단 함께 참여해보심이 어떨는지요
저도 7월 들어서 합류했습니다. 일단 저질러놓고 사람들과 친해지
면 자연스레 따라가게 되는거 같습니다.'
제 생각으로는 Bioinformatics 분야는 생명체 라는 한 개체를 하나
의 시스템으로 보고 그 시스템 내부의 컴포넌트들의 커뮤니케이션
에 관한 연구를 하는것 같습니다.
그러니 자연스레 EcoSystem에서의 우리가 직면한 Problem과도 자연
스레 맏닿아 있다고 생각합니다.
그런데 '도움이 될만한 부분'은 어떤 의미인가요? ^^
-[07/25-09:40]-
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'Mahalanobis Distance'에 대하여
업무상 필요에 의하여 문의드립니다.
사실 저는 통계에 대한 전공자도 전문가도 아닙니다.
이곳에서도 관련 내용을 읽었습니다만,
실제로 어떻게 계산해야 합니까?
사용할 수 있는 Program or Tool이 있읍니까?
SAS에 언급이 있는 것 같은데 실제 계산에 있어서는 어떤 Program으로 어떻게 접근해야 되는지...
여러군데 문의했는데 별 대답이 없었습니다.
혹시 아시는 분 계시면 친절하고 자세한 답변 부탁드립니다.
Planmal 올림.
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전 충대 생명과학부를 졸업하고 모바일관련(핸드폰에 들어가는 프로그램)회사에서 일하고 있습니다.
이곳에서 스터디는 하는것같은데 오픈프로젝트는 같은것은 하지 않나요??
영어 실력이 영부족해서 스터디같은것 할 능력은 안되고 프로그램 만들라고 하면 잘 할수 있는데...
시간날때 짬짬히 할수 있는 프로젝트같은것 없을까요..^^
yong27: 현재 진행중인 오픈소스프로젝트는 없습니다. 그러나,조만간에 추진할
예정입니다. 그때 같이 하죠~ -[05/16-09:16]-
궁금이: 프로젝트 시작할때 연락주세요... 지금 파이썬하고 바이오인포 열
심히 공부하고 있습니다.. ^^ -[05/29-12:56]-
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세미나 소개..
UML 심화 강좌: 아키텍트를 위한 엔터프라이즈 모델링 기술...
http://www.ehanbit.net
유료 강의이지만 알찬 내용이라 소개드립니다.
정보 제공이 아닌 광고라 생각되시면 삭제하시기 바랍니다.
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안녕하세요??
한 선배님의 추천으로 이 사이트를 알게 되었어요...
참.. 많은 자료가 있네요.. :)
저기 궁금한게 있는데요...
위키위키에 달력을 사용하시던데.. 어떻게 하시거예요..??^^;;
yong27: MonthCalendar라는 매크로를 사용합니다. 출처는 매크로마켓이라고,
모인모인용 매크로들이 다양하게 공개되어 있는곳입니다. 이 페이지
를 참고하세요 http://biohackers.net/wiki/MonthCalendarMacro -[04/24-09:39]-
preppie: 저기 죄송한데요..^^;;
그거 참고해서 macro에 monthcalander.py를 macro에 저장했거든요..
그런데. /usr/lib/python2.1/sre.py 부분에서 에러가 발생하구요..
'url' 속성에러(attributeError)가 발생하거든요..
혹시 python2.1이라서 그런가요?? -[04/24-20:42]-
yong27: 에러의 원인은, 다양할껍니다. 여기서 예측할수가 없을듯... 일단 쓰시
는 MoinMoin버젼에 따라 다를꺼고, 매크로같은것들은 갖다 쓰시면서 아
마 스스로 커스터마이징을 하셔야 될꺼에요~ 메일로, 자세한 에러메세
지 및 MoinMoin버젼을 알려주시기 바랍니다. -[04/25-09:48]-
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가끔 여기서 많은 도움을 얻어가고 있는 computatioanl biologist 가 되고가 하는 사람입니다. 다른 스터디
그룹에서 저희 스터디 그룹에 대한 소개를 해도 되는지 모르겠네요. 지송 ^^;; 여기 오프라인 모임이 없길
래 제가 하고 있는 스터디가 이번주 수요일(3월 5일) 에 다시 시작하게 되서요. 혹시 공부하고 싶으신데 마
땅히 같이 할 사람들을 못 찾으시는 분들 환영합니다. 장소는 비용문제로 연대 안에서 하고 있습니다. 현
재 인원은 대략 7명 정도 이고 Mount 가 쓴 Bioinformatics 란 책을 한번 다 보고 다시 복습 시작하는 상태
입니다. 이번엔 실습위주로 진행 시켜나갈 생각입니다. 프리챌 주소는 combio 입니다.
여기 이런 거 써도 되는지 정말 모르겠네요.... 그럼 이만
yong27: 물론 쓰셔도 됩
니다... 현재 이곳 오프스터디모임이 중단된상태라 혹시라도 다른 모임을 찾으시는분들께 도움이 되길 바
랍니다. [03/04-08:54]
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개강하기전에 가려구 했는데..
제가 몸이 많이 안좋아서...병원신세좀 졌습니다~헤헤
지금은 많이 좋아졌구요~!
개강하고도 시간많으니깐 ㅋㅋ 달팽이랑 꼭 놀러갈게요~^^;;
그럼 선배님 건강하세요~
yong27: 지난번엔 미안... 바쁜일이 있어서 못오게했구나. 담엔 언제라도 오길~ 내
무슨일이 있어도 맞이할테니... 몸건강하고 쨔샤... 건강한 몸에 건강한 정
신이 깃드는법이야~ [03/03-16:13]
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