BASE 사용팁

BASE/Tips

1. plug-in의 application software가 실행되지 않을때

vi /usr/local/base/config.inc.php

$config["mysql.localinfile"]=0;에서 0을 1로 바꾼다.

/usr/local/base/bin/base.server start

1-2. 분석 application을 실행하였을 때 error가 난 경우

• : Database의 base에서 Job table을 확인. Limiting factors(s)에 그 이유가 나와있다. 만약, 그래도 실행이 안된다면, Job으로 시작하는 table들의 내용을 모두 삭제한 후, 재시작.

2. reporter format이나 result file format의 column내용을 변경하고 싶을 때

• : BASE를 install한 후, Database에 base table을 생성하기 전에 수정한다.

수정할 file

• : ~/base/include/local/reporter_columns.inc.php, ~/base/sql/base_mysql.sql

• reporter_columns.inc.php의 경우

function getColumns($includeImmutable = false)
        {
                static $a = array(
                        array("identity",                       XCOL_INT,                       "Identity",                     2),
                        array("sequence",                       XCOL_LONGSTRING,        "Sequence",                     0),
                        array("ensembl",                        XCOL_LONGSTRING,        "Ensembl",                      1),
                        array("uniGene",                        XCOL_LONGSTRING,        "UniGene",                      1),
                        array("chrLocation",                    XCOL_LONGSTRING,        "Chr Loc.",                     1),
                        array("refSeq",         XCOL_STRING,            "RefSeq",               3),
                        array("interPro",                               XCOL_STRING,            "InterPro",                             2),
                        array("chromosome",             XCOL_STRING,            "Chrom.",                       3),
                        array("cytoBand",                       XCOL_STRING,            "Cytoband",                     3),
                        array("locusLink",              XCOL_STRING,            "LocusLink",            3),
                        array("omim",                           XCOL_STRING,            "OMIM",                         2),
                        array("annoDate",       XCOL_DATETIME,                  "Anno Date",            3),
                );

에서 column을 추가하거나 삭제한다.

• base_mysql.sql의 경우

CREATE TABLE Reporter (
  id mediumint(9) NOT NULL auto_increment,
  reporterId varchar(255) NOT NULL default '',
  species varchar(255) NOT NULL default '',
  clusterId int(11) NOT NULL default '0',
  geneName varchar(255) NOT NULL default '',
  geneSymbol varchar(255) NOT NULL default '',
  lastUpdate datetime NOT NULL default '0000-00-00 00:00:00',
  sequence text,
  location varchar(255) default NULL,
  refSeq varchar(255) default NULL,
  ensembl varchar(255) default NULL,
  uniGene varchar(255) default NULL,
  entrez varchar(255) default NULL,
  cytoBand varchar(255) default NULL,
  locusLink int(11) default '0',
  omim int(11) default '0',
  PRIMARY KEY  (id),
  UNIQUE KEY reporterId (reporterId),
  KEY geneName (geneName)
) TYPE=MyISAM;

주의사항 : 모든 user-defined column들은 default를 NULL로 만들어야 함.

• 위 file에서 id부분부터 lastUpdate는 내부적으로 다른 기능들과 연관이 있으므로 삭제하지 않는 것이 좋다.

3. "Enqueued and awaiting proccessing" error가 발생하여 plugin이 실행되지 않을때

• : 우선 base DB에 접속하여, Job table을 보고 error상황을 check. 그리고, BASE를 재시작하고, 수행해 본다. 만약 문제가 없는데도 실행이 안될 경우, 실행이 되지 않는 job의 id부터 모두 제거한 후 다시 실행.

예를 들어 34번째 부터 job이 실행이 안되는 경우

delete from Job where transformation > 33;
delete from JobSetting where transformation > 33;
delete from Transformation where id > 33;
delete from TransformationSearch where item > 33;

BASE 재시작