[[BAC]] clone sequencing. 컨소시엄측(다국적팀)에서 HumanGenomeProject에 사용한 LargeScaleSequencing방법.

[[BAC]]클론을 먼저 만들고, 해당 클론을 더욱 쪼개서, 시퀀싱한 방법으로, 직접 쪼갠 WholeGenomeShotGun과 차이가 있다.

BAC은 평균 15만 염기쌍을 포함하고 있으므로, 이론적으로는 2만개 정도면 HumanGenome전체를 포함할 수 있겠지만, 실제로는 3만개의 BAC을 겹치도록 사용했다. 자동염기서열 분석 장치가 한번에 읽을 수 있는 염기 수가 약 5백개 정도이므로, BAC 클론을 무작위로 잘라, 염기쌍이 1천개보다 큰 조각의 염기서열을 앞뒤로 약 500개씩 읽어 FragmentAssembly를 수행한다. 

FragmentAssembly는 서열 정보를 비교하면서 겹치는 부위를 찾아, 이들을 연결해서 하나의긴 서열을 재구성하는 작업이다. 다국적팀은 모두 5800만번의 염기 서열 분석을 거쳐 약 230억 염기쌍의 서열을 읽었는데, 이는 인간 유전체의 8배에 해당하는 양(8x)으로, 짜깁기 작업을 위해 중복해서 읽었기 때문이다. 2001년 2월 네이처에 발표한 99% 초안은 40만개의 단편으로 이루어져 있고, 단편들 사이의 틈새를 없애고 24개의 염색체 (22쌍과, X, Y 염색체) 작업이 앞으로 남은 1%의 과제이다.