aka GO. Gene Ontology consortium. They produce a dynamic controlled vocabulary that can be applied to all organisms even as knowledge of [Gene] and [Protein] roles in cells is accumulating and changing. One of the OBO

http://www.geneontology.org/ http://www.godatabase.org/dev/

그 시작은 각기다른 그룹의 모델생명체 Genome연구그룹들(FlyBase, SGD, MGD)의 공동연구에 기인한다.

It is classified into three groups.

• MolecularFunction

• BiologicalProcess

• CellularComponent

Types of relationship

• is-a
• part-of
• develops-from

이 세가지그룹은 통합된 의미를 지닌다. 어떤 Gene product는 하나이상의 MolecularFunction을 가지며(have), 하나이상의 BiologicalProcess에 사용되며(used in), 하나이상의 CellularComponent와 연관되어(associated with)있다.

For example,the gene product cytochrome c can be described by the MolecularFunction term electron transporter activity, the BiologicalProcess terms oxidative phosphorylation and induction of cell death, and the CellularComponent terms mitochondrial matrix and mitochondrial inner membrane.

GO는 DAG로 구조화된다. 단순한 hierarchies와의 차이점은 하나의 자식노드가 여러 부모노드를 가질 수 있다는 점이다. 마치 MultipleInheritance처럼.

GO는 오로지 Gene product에만 초점을 맞춘다. 어떤 조직에서, 어떤 발생시기에 어떤 질병과 연관되어있는지등은 설명하지 않는다. 각각 목적에 맞는 ontology가 따로 개발되고 있다. See OBO

GO Database

• QuickGo

• AmiGo

Concerned paper

• Saccaromyces Genome Database construction using GO (->) SGD_GO

관련 프로그램

• GOM

• GenBank id로부터 GO id를 Entrez를 통해 가져오기 : GoFromGiEntrez.py (cyppi씨 작성)

0003673 in GO

CategoryDatabase