HapMap. The International [HaplotypeMap]ping Project

http://www.hapmap.org/index.html.en

 ''[Nature] 426:789-796,2003 [[http://149.142.238.229/pgxlab/docs/HapMap-Nature-1.pdf|원문]]''  

목적 : HumanGenome 에서 [DNA]서열 변이의 common pattern을 결정하고, 여기서 만들어진 정보를 public domain에서 자유롭게 사용할 수 있게 함.

== Human DNA sequence variation ==

인간 유전체의 2개 [Allele]사이에는 약 0.1%의 염기 차이가 있다(대략 1000 bp 당 하나). 이것은 전세계 인구에서는, 약 1000만개의 위치(평균 300 bp 당 하나)는 두개 대립 유전자 사이의 차이가 1% 이상의 빈도(돌연변이 빈도 1% 이상)로 관찰되는 것이며, 이들 1000만개의 [SNP]의 90%는 common SNPs로 구성되어 있고, 나머지 10%는 광대한 돌연변이들의 배열이다.

한 영역내의 각각의 common [Haplotype]를 식별하기위해서는 아주 적은 수의 TagSNPs이 요구된다. 1000만개 common SNPs 중 약 20만 - 100만개의 TagSNPs가 존재한다. 이것을 [LD]를 이용하여 최소한의 정보 손실만을 허용하면서 [Genotyping]하는 양을 줄일 수 있다. 

Common SNPs에는 historical Recombination pattern이 나타나며, 몇몇 Recombination은 HotSpot들에서 반복적으로 나타나며, 이 사실은 ancestral [Chromosome] 영역에 mosaics pattern으로 나타만으로써 증명된다. 이러한 결과는 대상 집단내에서 그리고 대상 집단 사이에서 명백하게 관련이 없는 [Chromosome] 사이에 [Haplotype]과 [LD] pattern이 공유되고 있음을 설명해주는 증거이다. . 

이 관찰 결과가 HapMap의 개념적, 실험적 근거 이며, 이렇게 만들어진 HapMap은 [SNP]간의 Association을 포함한 돌연변이의 일반적 형태(general pattern)를 설명해 줄 수 있다.

== The International HapMap Consortorium ==

Ethical issue, scientific plan, 연구 구룹 선정을 목적으로 2001년 7월에 Washington DC에서 처음 모임이 있었다. 2002년 8월에 The International HapMap Consortorium이 정식으로 구성되었다. 

== DNA samples and populations ==

Pilot study에서 보면 Yoruba, Japanese, Chinease 그리고 Northern and Western Europe의 대상들 사이에서 Haplotye pattern이 상당히 유사함을 알 수 있다. 

== Choice of SNPs ==

전체 유전체를 통해 적절한 유전 변이를 설명하기 위해서는 고밀도의 SNPs이 요구된다. 처음 project가 시작될 당시에는 public database dbSNP의 평균 marker density는 대략 매 kilobase에 하나(2.8 milion SNPs) 이었으나, 이것은 너무 저밀도 였다. 

Project의 목표는 MinorAllele의 빈도가 최소 5% 이상이고 평균 간격이 5 kilobase 인 60만개 SNPs을 genotype 하는 것이다.   

== [Genotyping] ==

== Data release ==

== Data analysis ==
각 maker들 사이의 [LD] 값을 D', I2 등을 이용하여 계산한다. High [LD] 가 나타나거나 [Haplotype]이 유난이 밀집 된 영역을 정의하기 위한 다양한 방법들이 평가 되고 있다. 현존하는 방법들은 

 * SlidingWindowLdProfile
 * LdUnitMaps
 * HaplotypeBlock
 * MeioticRecombinationRate

를 측정하는 법등 이다. Project의 첫 단계인 [LD] 분석이 완료 된 후에는 [LD]가 약하거나 없는 영역을 찾아내고 향후 [SNP] selection과 genotyping을 위해 순위를 매긴다. 

== Conclusion ==

InternationalHapMapProject의 목적은 연구자로 하여금, 질병에 걸리기 쉽게 하거나(disease susceptible) 질병을 억제하는 또는 약물에 반응하게 하는 유전적 요소들을 전 인류 대상 차원에서 발견 할 수 있게 하는 research tool을 개발하는 것이다. HapMap은 CandidateGene, Linkage-based, Genome-wide association study, 실행하기 어려운 transforming strategy 등을 수행하는데 있어 중요한 지름길 역할을 할 것이다.  

EncodeProject에 활용된다.

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