[[Genomics]]연구중 대량서열결정작업. (대량 DnaSequencing) 다양한 방법이 사용된다. 직접 WholeGenomeShotGun및 CloneByCloneMethod방법으로 직접 [[Genome]]서열을 결정할 수 도 있으며, cDNA library의 서열결정작업을 통해 [[EST]]연구를 수행할 수도 있다.

다양한 형태의 서열들을 가지고 연구하게 된다.
 * 대량서열 : [[EST]], [[WGS]], [[GSS]], 
 * 마커 : [[STS]] ([[RFLP]], [[VNTR]]), [[SNP]]

방법들
 * CloneByCloneMethod
 * WholeGenomeShotGun 
 * [[EST]]
 * FullLengthcDna
 * SequencingByHybridization
 * [[FPC]]
 * GenomeSequencer20System
 * NextGenerationSequencing

사용되는 프로그램들
 * base calling : [[Phred]]
 * phd to FastaFormat : phd2fasta
 * vector masking : CrossMatch, VecScreen
 * RepetitiveSequence masking : RepeatMasker
 * FragmentAssembly : [[Phrap]], [[CAP3]]
 * [[SNP]] detection : PolyPhred
 * Contig viewer : [[Consed]]

일반적인 프로그램 사용법
{{{
$ phred -id chromat_dir -pd phd_dir -dd poly_dir -log
$ phd2fasta -id phd_dir -os seqs_fasta -oq seqs_fasta.qual
$ cross_match seqs_fasta vector.seq -minmatch 12 -minscore 20 -screen > screen.out
$ phrap seqs_fasta.screen -new_ace > phrap.out
}}}

GeneticMap을 기초로 작업해서, PhysicalMap을 만들게 된다.

결과[[Database]]
 * [[GOLD]]

관련기술들
 * RestrictionMap

관련기업
 * IntegratedGenomicsInc

관련서적
 * DnaSequencingFromExperimentalMethodsToBioinformatics

Useful information
 * [[http://www.bioinformatics.pe.kr/link/sequencing.html|Large Scale Sequencing]] : In BioinformaticsInformation
 * http://bioinfo.mbb.yale.edu/course/projects/final-4/
 * [[WellConvertor.py]] : 384well 과 96well의 변환을 위한 스크립트
 * 미국에서는 Genome Sequencing의 cost를 줄이고, 분석방법을 발전시키기 위한 연구비를 책정하고, 선정하였다. [[http://www.biologynews.net/archives/2005/08/08/nhgri_expands_effort_to_revolutionize_sequencing_technologies.html|관련내용]]


== 각종 스크립트 ==
ace 파일의 xls 변환 : ace2xls.py
{{{#!python
from Bio.Sequencing import Ace

def main(ifile, ofile):
    ofile.write('\t'.join([
        'Contig', 'Contig length', 'No of reads', 'No of segments', 'U or C',
        'Read name', 'Padded bases',
        'align start', 'align end'
        ])+'\n')
    for contig in Ace.Iterator(ifile, Ace.RecordParser()):
        if contig:
            for read in contig.reads:
                ofile.write('\t'.join(map(str,[
                    contig.name, contig.nbases, contig.nreads, contig.nsegments, contig.uorc,
                    read.rd.name, read.rd.padded_bases, 
                    read.qa.align_clipping_start, read.qa.align_clipping_end,
                    ]))+'\n')
                    
if __name__=='__main__':
    import sys
    main(sys.stdin, sys.stdout)
}}}



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