직선(Linear Equation)과 관련된 여러 1차 방정식들을 효율적으로 풀기 위한 대수학(Algebra)
주로 행렬(Matrix)와 Vector를 이용하여 복잡한 1차 방정식을 단순화시켜 원하는 답을 구함으로써 직선 관계에 있는 여러 변수들간의 관계를 풀이한다.

대표적인 예로, [[PAM]]과 같은 Transition Matrix가 있다.

또한, 점화식 등의 원리를 이용하여 n에 대해 일반화 시키기 힘든 여러 식들을 일반화 시키는데 사용되기도 한다.

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SeeAlso : StatisticalMethodsInBioinformatics, B.19 참조.
 여기서는 일정단위 evolutionary time에 일어날 수 있는 transition의 matrix를 Spectral Expansion시킴으로써 n time후의 transition matrix를 계산하는 데에 LinearAlgebra의 EigenValue와 EigenVector를 이용하였다.