분자동력학. 

분자세계의 시간에 띠른 변화를 보고자 하는 학문분야. 각 분자들은 절대영도의 움직임없슴에서 온도가 올라감에 따라 움직이기 시작하게 된다.

ProteinStructure의 예측에 ''ab inito'' 방법으로 구조를 예측하는데 쓰이기도 하지만 아직까지 정확하지 않다.

분자세계를 묘사할 물리학으로 NewtonMechanics혹은 QuantumMechanics가 쓰일 수 있으나, 실제 생물학분야에서 다루는 생체고분자들의 경우, 양자역학은 계산량이 너무 많아지므로, 고전역학을 이용한다.

양자역학을 사용할때는 BornOppenheimerApproximation 을 사용한다고 한다. 

ProteinStructure관련 프로그램. (어떤 알려진 구조가 있을 때 그 구조의 가장 안정한 폼을 다시 계산한다)
 * [Amber]
 * [CHARMM]