[[SNP]] detection을 위한 [[Phred]]

http://droog.mbt.washington.edu/PolyPhred.html

sequence trace에서 heterozygous영역을 찾는다. 이 영역은 trace내에서 두가지 특징을 지닌다.
 1. two significant overlapping fluorescence peaks
 1. decrease of 50% peak heights

[[Phred]]프로그램이 PHD, POLY파일을 만들고, [[Phrap]]이 ACE파일을 만든다. PolyPhred는 PHD, POLY, ACE 파일들을 이용하여, 각 서열별로 PolyPhred 점수를 매기면서, [[SNP]]가능성이 높은 부분을 예측한 뒤, 해당 정보를 ACE, PHD 파일에 업데이트한다. 이후 [[Consed]]프로그램이 이를 읽어서 가시적으로 보여준다.

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64bit [[AIX]]에서 실행시 아직 문제가 있다. 

PolyPhred프로그램이 [[AIX]] p690머신에서 bulk데이터로 돌릴때 실행되지 않는다. '''Illegal instruction'''이란 메세지와 함께 core파일을 dump하며 죽는다. 이 현상의 이유가, p690머신이 64bit 칩을 사용하기 때문에 많은 메모리를 쓰는 프로세스의 경우, 32비트용 한정메모리 이상을 쓰면서 이런 현상이 생긴다는 견해가 지배적이다. 따라서... 해결방법은,
 1. 프로그램 저자에게 메일을 보내서, p690머신에서 컴파일한 바이너리를 보내달라고 요청한다.
 1. 아니면, 소스코드를 보내달라고 요청한다.
 1. [[Linux]]에서 돌린다. ㅡ.ㅡ

세번째 방법은, 왔다갔다 매번 그럴수 없기때문에 정답이 될 수 없다. 그래서 메일을 썼는데... 도통, 영작이 안된다. 완전 엉터리 영어인듯 한데 과연 어떤 답장이 올까 사뭇 궁금...

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Hi, I'm Korean Bioinformatics researcher Hyung-Yong Kim, worked in laboratory of animal Genomics in NLRI(National Livestock Research Institute in Korea).

Our lab uses IBM p690 server (AIX5, POWER4, 64bit) and a few days ago, I got the PolyPhred binary for AIX. It has no problem in test data(consed's polyphred test data) but, It doesn't make output in our data(6000 EST) and dumps core file predicted to memory error.

I've heard that this problem is due to machine chip properities. So It is needed compiling of source code. I'd like to get binary file compiled in POWER4 chip or source code.

I present my situations about this problems
Error message of polyphred is :

yong27@edit_dir/ > polyphred

POLYPHRED  Version 4.20
--------------------------------------------------------------
Reading the ACE file /home/yong27/CowEst/040407/edit_dir/040407.fasta.screen.ace.2
Illegal instruction

and it makes "core" file. I attach this.

Thanks for your concern.

Hyung-Yong Kim
}}}


--[[yong27]], 2004-04-27

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CategoryProgramBio