몇몇 포유류의 [[Mitochondria]] [[DNA]]들을 MultipleAlignment해서, 종 특이 영역 priming할 수 있는 PrimerDesign을 하려고 한다.

|| '''종''' || '''영문''' || '''학명(속,종)''' || '''RefSeq id''' ||
|| 닭 || chicken || ''Callus gallus'' || RefSeq:NC_001323 ||
|| 소 || cow || ''Bos taurus'' || RefSeq:NC_001567 ||
|| 돼지 || pig || ''Sus scrofa'' || RefSeq:NC_000845 ||
|| 말 || horse || ''Equus caballus'' || RefSeq:NC_001640 ||
|| 염소 || goat || ''Capra hircus'' || RefSeq:NC_005044 ||
|| 양 || sheep || ''Ovis aries'' || RefSeq:NC_001941 ||
|| 개 || dog || ''Canis familiaris'' || RefSeq:NC_002008 ||
|| 사슴 || deer || ''Muntiacus muntjak'' || RefSeq:NC_004563 ||

서열획득스크립트
{{{#!python
from Bio import GenBank, Fasta

gis={
    'chicken' : 'NC_001323',
    'cow'     : 'NC_001567',
    'pig'     : 'NC_000845',
    'horse'   : 'NC_001640',
    'goat'    : 'NC_001640',
    'sheep'   : 'NC_001941',
    'dog'     : 'NC_002008',
    'deer'    : 'NC_004563',
}

fpser = GenBank.FeatureParser()
ncbi = GenBank.NCBIDictionary('nucleotide','genbank',parser=fpser)

def fullGenome(anOutFileName):
    resultFile = open(anOutFileName,'w')
    for species in gis:
        genome = ncbi[gis[species]]
        fasta = Fasta.Record()
        fasta.title = ' '.join([species, genome.name, genome.description])
        fasta.sequence = genome.seq.tostring()
        resultFile.write(str(fasta)+'\n')

def rDNA16S(anOutFileName):
    resultFile = open(anOutFileName,'w')
    for species in gis:
        genome = ncbi[gis[species]]
        for feature in genome.features:
            product= feature.qualifiers.get('product')
            if product and product[0].find('16S')>=0:
                fasta = Fasta.Record()
                fasta.title = ' '.join([species, genome.name, product[0]])
                start = feature.location.start.position
                end = feature.location.end.position
                fasta.sequence = genome.seq[start:end].tostring()
                resultFile.write(str(fasta)+'\n')
                continue

if __name__=='__main__':
    #fullGenome('mtdna.fasta')
    rDNA16S('mtdna_16s.fasta')
}}}

얻어진 서열을 [[ClustalW]]로 MultipleAlignment하면 MT DNA는 많은 부분 보존되어 있슴을 알 수 있다. 여기서 한가지 궁금증. Circular DNA의 경우, MultipleAlignment을 제대로 하려면, 금고다이얼처럼 맞춰야 할텐데, 그런 옵션이 없다. 구글검색해봐도, 언급이 없다. AnswerMe! 어쩌면 논문등의 NewIdea로 써먹을수도 있을듯.

Species specific PrimerDesign은 [[Amplicon]]을 이용해서 해결

전체 [[Genome]]을 이용할 경우, 서열이 너무 커서, 프로그램이 동작하지 않는다. 임시로 16S [[RNA]]영역만을 추출하여 가동. 그럴듯한 결과를 얻을 수 있으나, 다른 영역에서 priming될지도 모른다는 단점을 지닌다.