BiologicalSequenceAnalysis에서 사용하는 SequenceAlignment에는 

비교대상 서열의 가짓수에 따라
 * PairwiseAlignment
 * MultipleAlignment

서열내에서 전역으로 정렬하느냐, 부분적으로 정렬하느냐에 따라
 * GlobalAlignment
 * LocalAlignment

속도개선
 * LinearSpaceAlignment

For PeptideMassFingerprint in [Proteomics]
 * SpectralAlignment

관련된 알고리즘들
 * NeedlemanWunschAlgorithm : GlobalAlignment
 * SmithWatermanAlgorithm : LocalAlignment
 * GotohAlgorithm : 
 * MyersMillerAlgorithm