쌍으로 존재하는 두개의 [[Allele]]에서 각각의 [[Allele]]에 존재하는 [[SNP]]들이 있을 때, 이러한 [[SNP]] 집합들의 [[Combination]]가능 경우의 수에 비해 실질적으로 존재하는 [[SNP]] 집합은 매우 적은경우 이들을 Block으로 묶어서 생각할 수 있게 된다.([[Haplotype]]) 이러한 Block 단위를 SnpHaplotype이라고 한다. 

A set of closely linked [[GeneticMarker]]s present on one [[Chromosome]] which tend to be inherited together (not easily separable by recombination).

{{attachment:SnpHaplotype.jpg}}

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예를들어
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AT'''A'''GTCACG'''T'''ACGTAT'''T'''ACG
AT'''C'''GTCACG'''A'''ACGTAT'''G'''ACG
AT'''C'''GTCACG'''A'''ACGTAT'''G'''ACG
}}}
 
이와 같은 경우 [SNP]의 집합은 3번째, 10번째, 17번째 위치의 것들이며, 3번째 위치에서는 ''A/C'' , 10번째 위치에서는 ''T/A'' , 17번째 위치에서는 ''T/G'' 의 SNP Type들이 관찰된 것이다. 그렇다면 이들 세 위치에서의 [[SNP]]들이 일어날 모든 경우의 수는 2*2*2 즉 다음과 같은 8가지 조합이 가능하다. 

 ''A T T'' ; ''A T G'' ; ''A A T'' ; ''A A G''; ''C T T'' ; ''C T G'' ; ''C A T'' ; ''C A G'';

이들 중 실제로 관찰된 결과는 ''A T T'' , ''C A G'' 단 2가지 뿐이다. 이렇게 함께 따라다니는 [[SNP]] 현상들의 집합인 Block을 SnpHaplotype이라 한다. 
   
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이러한 현상들은 단순히 위의 예와 같이 블록단위에서만 끝나는 것이 아니라, 블록들간의 조합들까지도 고려가 되어야 한다.