PeptideMassFingerprint에 사용되는 [[Algorithm]] SequenceAlignment와 유사한 DynamicProgramming방법이 사용된다. MassSpectrometry에서 출력되는 스펙트럼을 [[Protein]] [[Database]]내의 서열에 대해 가상의 스펙트럼을 만들고 이와 매치하는 방법 매치후에 점수를 매겨서 순위를 나타내야 하는데 다음의 방법들이 사용된다. * number of matches approaches : peptide의 매치가 가장 많은 것에 점수를 가장 많이 주는 방법 * [[MOWSE]] : 주어진 분자량 범위내의 모든 [[Protein]]들에 대해 peptide들의 observed frequency를 이용 * ProFound : BayesianInference이용