로컬로 컴퓨터에 설치되어서 돌아가는 [[BLAST]]. WwwBlast와 다른 점이라면, 모든 명령을 쉘에서 실행한다는 것과, 결과물이 [[HTML]]이 아닌 FlatFile로 출력된다는 것.

[[NCBI]]에서는 Public [[FTP]]를 통하여, 거의 모든 OperatingSystem의 바이너리 실행화일 및 소스를 제공한다.

다운로드 : ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast

== 설치방법 ==

[[Linux]]용으로 다운받았을 경우 다음과 같이 설치한다.

blast 디렉토리를 만들고, 그 안으로 복사한후, 다운받은 화일의 압축을 푼다.
{{{
$ mkdir blast
$ cd blast
$ tar zxvf blast.linux.tar.Z
}}}

.ncbirc 화일을 만든다.
{{{
$ vi .ncbirc
[NCBI]
Data=/path/blast/data
}}}

blastdb를 취한다. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db 에서 예제로 ecoli.nt.Z 를 받는다. 동일 디렉토리, 혹은 특정 디렉토리에 복사, 압축해제한 후 다음과 같이 formatdb명령을 수행한다.
{{{
$ ./formatdb -i ecoli.nt -p F -o T
}}}
여기서, -p옵션은 protein이냐를 묻는것이며, 위 DB는 nucleotide이므로 F (false)를 선택한다.

위 formatdb는 압축해제과정 없이 다음처럼 진행될 수 있다.
{{{
$ uncompress -c ecoli.nt.Z | ./formatdb -i stdin -p F -o T -n ecoli
}}}

기본적인 [[BLAST]]검색을 위해서는 다음의 명령을 수행한다.
{{{
$ ./blastall -p blastn -d ecoli.nt -i test.txt -o test.out
}}}

== 유용한 스크립트 ==
standalone blast의 많은 결과 레코드를 보기 불편할때가 많다. 다중 쿼리의 결과를 1등 hit 만 뽑아서, 이를 [[Excel]]로 변환해주는 스크립트
{{{#!python
import sys, os
from Bio.Blast import NCBIStandalone

sys.stdout.write('\t'.join(map(str,[
    "Query", "DB", "ACC", "DESC", "Expect", "Identities", "Positives", "Gaps", "ORF"
    ]))+'\n')
for b in NCBIStandalone.Iterator(sys.stdin, NCBIStandalone.BlastParser()):
    db = ""; acc = ""; desc = ""; expect = "" 
    identities = ""; positives = ""; gaps=""; orf=""
    if b.alignments:
        alignment = b.alignments[0]
        words = alignment.title.replace('\n','').split('|')
        db = words[0]
        acc = words[1]
        desc = words[2]
        hsp = alignment.hsps[0]
        expect = hsp.expect
        identities = '/'.join(map(str,hsp.identities))
        positives = '/'.join(map(str,hsp.positives))
        gaps = '/'.join(map(str,hsp.gaps))
        if hsp.sbjct_start == 1 and hsp.sbjct[0] == 'M':
            orf="orf"
    sys.stdout.write('\t'.join(map(str,[
        b.query, db, acc, desc, expect, identities, positives, gaps, orf
        ]))+'\n')
}}}

위 스크립트를 bl2xls.py로 저장한 후, 아래와 같이 실행한다.
{{{
$ python bl2xls.py < some.blast > some.xls
}}}

== QnA ==
I just get only first element of blast result. I can't figure out what I have missed. Could anyone suggest to fix this?  -- [[cyppi]] <<DateTime(2005-09-12T00:40:57Z)>>
  ''I did various experiments but it has no problem. pls let me know error message or your input blast result.'' -- [[yong27]] <<DateTime(2005-09-12T01:58:29Z)>>

I use Input as like [[http://bioxp.net/bl2xls/input|this]] and get result like [[http://bioxp.net/bl2xls/result|this]]. And I use blast option like 
{{{
$ blastall  -d ../blast/nt -p blastn -o result -i input
}}}
and I get result like
{{{
$ python bl2xls.py < result 
Query   DB      ACC     DESC    Expect  Identities      Positives       Gaps    ORF
for test        >ref    XM_466291.1      Oryza sativa (japonica cultivar-group),  mRNA  0.2423/24    None/None       None/None1 
}}}
pls let me know what's wrong w/ these things.. -- [[cyppi]] <<DateTime(2005-09-12T02:46:07Z)>> 
 ''This script is for multi-query blast output and first hit parsing, It has no problem'' --yong27
  Ah~~ now I can understand!! I misunderstood that all the alignments in the result should showed. :) Thanks for useful scripts :) -- [[cyppi]] <<DateTime(2005-09-12T03:55:07Z)>>