[[TIGR]]에서 운영하는 EstClustering BiologicalDatabase

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

TigrGeneIndices uses assembly [Algorithm]s, rather than [[Clustering]], to produce tentative consensus(TC) sequences that represent the underlying m[[RNA]] transcripts.

It's buliding method tightly groups highly related sequences and discard under-represented, divergent, or noisy sequences.

특징
 * 관련된 [[Gene]]들을 분리시켜서 EstClustering한다.
 * RnaSplicing variants들을 다른 cluster로 분리한다.
 * low level of contamination

TC 서열들은 GenomeAnnotation, PhysicalMap, Identification of [[Ortholog]]/[[Paralog]] [[Gene]]s 에 활용된다.

이곳의 [[Gene]] building방법은
 1. MegaBlast
 1. [[CAP3]]
 1. ParacelTranscriptAssembler
 1. DnaProteinSearchProgram

에 의하며, [[ORF]] annotation에는 다음이 쓰였다.
 1. EstScan
 1. DianaEst
 1. FrameFinder

[Genome] mapping에는 다음이 쓰였다.
 1. [[Blest]]
 1. [[Scout]]
 1. [[Gap2]]

ExpressionProfile 분석은 [[R]]이 쓰였으며, unique oligomer들은 OligoPicker로 만들어졌다.

관련스크립트
 * [[TcGo.py]] : TC서열들의 [[GO]] annotation [[Parsing]]

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