관련 용어

• Vector의 종류에는 plasmid, bacteriophage, cosmid, phagemid 등 여러 가지가 있습니다. 그중 가장 널리 쓰이는 것은 plasmid입니다. 관련블로그

• cosmid : 바이러스를 이용한 플라스미드의 일종입니다...

VectorNTI 실습

VectorNTI의 강점

• 다양한 생물학 관련 분석 툴을 제공한다... -> ContigExpress, PrimerDigine,

• 모든 데이타를 데이타베이스화 하여 관리한다... -> 검색, 백업, 리스트화 할 수 있다...

• 복잡한 생물학 데이타를 보기 편하게 GUI를 제공한다... ->

vectorNTI만의 특색

• 창을 이동 시 툴바도 같이 변한다...

install

• 프로그램을 인스톨한다...인스톨이 끝나면 프로그램을 열고 help -> license -> applications 가서 사용자 정보를 입력한다...

• phone은 국제번호를 적는다...예)08-2-2149-0041

• 사용자 정보를 그대로 옮겨서 회사 위키에 적는다... -> VectorNTI/UserList

실행 및 데이타베이스 관련

• 처음 실행하게 되면 데이타베이스를 만들건지 묻는다 -> 만들어도 되고 안만들어도 되는데 만들면 웹으로부터 모든 정보를 받는다...

• subset(subbase)에서 오른쪽 마우스 클릭
  • Edit : subset 안에 데이타들을 추가/삭제 할 수 있다...

  • Dismiss : subset을 지운다... -> main에 데이타는 그대로 있다...

  • Clear : subset은 그대로 있고, 안에 데이타만 지운다... -> 다른 DB와 별개

  • Delete content : clear와 동일한 기능을 갖는다... -> 단, 다른 DB의 같은 데이타는 삭제된다...

  • Add Separator : subset 밑에 하위 디렉토리를 만들어 준다...
• 데이타에서 오른쪽 마우스 클릭
  • Edit : 각 데이터 정보를 편집할 수 있고, 다양한 Keyword와 Comments 설정을 활용하여 데이터관리를 용이하게 한다.

    • 전체적으로 fields를 편집하고 싶으면, Database -> User Field Manager 에서 한다...

  • Exclude from Subset : 데이타 삭제, 단 MAIN에서는 삭제되지 않는다...
  • Delete from Database : 데이타 삭제, MAIN에서도 삭제된다...
• Database
  • Search
    • Attribute filter : Storage type, Nucleic acid, replicon type, Form, Extra-chromosome replication, size에 따라 검색
    • Text filter : 데이타베이스 필드를 고를수 있고, 찾고 싶은 텍스트를 입력해서 검색
    • Keyword filter : 내장된 키워드를 골라서 검색
    • Ancestor filter : 기존에 가지고 있는 데이타를 키워드로 검색

    • Oligo&Peptide filter : 특정 oligo나 peptide를 가지고 검색

    • Feature filter : molecule들이 갖는 특징을 가지고 검색
  • Database backup : 말 그대로 데이타베이스를 백업한다...
  • Database restore : 프로그램을 다른 컴퓨터에 옮겨 설치할 경우, 데이타를 새 프로그램에 넣어준다...
  • Database cleanup :

• ContigExpress : Assemble -> ContigExpress - Open New Assembly Project

  • 새로운 창이 뜬다... 먼저 관련 파일을 추가한다...(관련포맷 : GenBank file, FASTA file, ABI file, SCF file, ALF file, EMBL file, TEXT file, ESD file, Phred file, Phrap ACE file)

  • 데이타 추가 : Project -> Add Fragments or 데이타를 찾아서 drag & drop

  • assembly : 데이타 선택 후, Assemble -> Assemble Selected Fragments or 데이타 drag & drop해서 toolbar에 Assemble Selected 선택

  • 저장 : 그 창에서 바로 저장할 수도 있고 (.cep), contig를 로컬데이타베이스창으로 drag & drop해서 저장할 수도 있다...

• View
  • Display setup : 서열에 내가 보고 싶은 옵션을 붙여서 만들수가 있다... default는 restriction enzyme 몇개만 setting 되어 있다... 기존 것들도 수정 가능하다...
  • Display Profile : Display를 선택해서 볼 수 있다...
• Primer Design :

  • 영역 선택 후 Analyses -> Primer Design -> find PCR primers

VectorNTI Q&A

1. fragments 지정한 후, Assemble Selected를 하면 같은 fragments를 가지고 하는데도 어떤 경우에는 2 contig(s)가 나오고 어떤 경우에는 3contig(s)가 나오는 건 왜일까?

2. vector sequence를 trimming 하기 위해서 contigExpress 창에서 분석할 fragment 선택 후 Edit -> Trim Selected Fragments Ends Vector Contamination -> settings 에 가보면 polylinker (vector들)가 있다. explorer 창에서 vector 선택 후 tools -> Send To -> Polylinker to ContigExpress 누르면 선택한 파일을 저장하고 그 파일은 settings의 polylinker에서 보여지게 된다... 그렇다면 이 vector 파일은 어디에서 다운 받나???