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2006-08-31

• its not fair we are programmed to resist weight loss -- Biology News Net

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2006-08-30

• 윈도우를 설치하고 학교에서 설치해준 MS Office Programe을 제외하고, 나머지를 모두 [OpenSource] Programme으로 설치 중.

  1. Graphic Tool - GIMP

  2. Editor - VimEditor

  3. PDF Software - PDFill : 무료 PDF 변환 프로그램. Ghostscript를 설치하겠냐고 물어봄. 설치해야 함.

• synthetic molecule causes cancer cells to selfdestruct -- Biology News Net

  • {{|"We have identified a small, synthetic compound that directly activates procaspase-3 and induces apoptosis," said Paul J. Hergenrother, a professor of chemistry at the University of Illinois at Urbana-Champaign and corresponding author of a paper to be posted online this week ahead of regular publication by the journal Nature Chemical Biology. "By bypassing the broken pathway, we can use the cells' own machinery to destroy themselves."|}}
  : 일명 자살유전자로 알려진 caspase3는 [Cancer]에 있어서는 이 단백질이 작동을 하지 않기 때문에 비정상적인 성장을 멈추지 않는데, procaspase activating compound one (PAC-1)이란 caspase3를 activation 시키는 단백질을 발견하였다는 내용.

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2006-08-29

• 오늘 하드 포맷하고 새로이 partition 설정하고, 윈도우와 다른 프로그램설치 시작...

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2006-08-28

• 주로 윈도우환경에서 일을 진행하고 있는데, C drive의 용량부족으로 백업 및 포맷을 진행중. 이 글은 리눅스(Ubuntu Linux)환경에서 작업중. 그동안 너무 리눅스에 무심했었다.

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2006-08-25

• first encyclopedia of nuclear receptors reveals organisms focus on sex food -- Biology News Net

  • {{|In the anatomical study, researchers used mice to profile the location and activity of the superfamily of nuclear receptors. They found that receptors, by virtue of similar patterns of expression in certain tissues, separate into two main clusters to regulate reproduction and nutrient metabolism.|}}

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2006-08-23

• Genomic sequence analysis of a potential QTL region for fat trait on pig chromosome 6

  • : [PubMed]에서 paper search중 [yong27]님의 paper가 검색되었다. 나중에 만나게 되면 물어봐야겠다.

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2006-08-22

• 주 보스턴총영사관 미국생명과학정보 : 해외과학자소개 -- BRIC

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2006-08-19

• fsu biologists uncover mechanisms that shape cells for better or worse -- Biology News Net

  • {{|"Our study shows that EGFR activation in the cells surrounding the fruit fly oocyte acts to turn off a gene known as Dystroglycan, halting production of its protein. EGFR must shut down Dystroglycan in order for the oocyte to properly polarize," Poulton said.|}}

• 엑셀의 조건부 서식기능 -- Media Lab Blog

  • : 그동안 다른 사람들에게 MicroArray data를 줄때 P-value와 Fold change에 따른 색깔을 지정해서, 관심있는 결과를 눈으로 확인하기 편하게 했었는데 엑셀의 조건부서식기능이 있는 것은 생각안하고, 매번 수작업으로 진행을 하였다. 이런 방법이 있는 줄 모르고

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2006-08-18

• researchers identify human dna on the fast track -- Biology News Net

  • : 다른 종과 [GenomeSequence]를 비교한 후, human에게서 많은 변화가 있는 region을 조사하였고, 그 부분을 human accelerated regions (HARs)라 명명하였으며, 49개의 HARs중 12 region이 brain [Development]와 관련이 있다는 것을 발견한 연구. [ComparativeGenomics]의 대표적인 사례인 것 같다.

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2006-08-14

• with few factors adult cells take on character of embryonic stem cells -- Biology News Net

  • : "We have demonstrated that pluripotent stem cells can be directly generated from fibroblast cultures by the addition of only a few defined factors," Yamanaka said. Fibroblasts make up structural fibers found in connective tissue.

    • 세포배양을 하게 되면 흔히 잘 생기는 [Cell]이 Fibroblast cell인데 이것의 Oct3/4, Sox2, [MYC], Klf4 gene을 조절하여 모든 세포로 분화될 수있는 StemCell로 변화시킬 수 있었다는 연구내용. 이렇게 되면 배아줄기세포를 이용하지 않아도 자신의 세포를 가지고 치료가 가능하게 될수 있다. 하지만, 아직 mouse에 대한 실험단계이고 그 분화과정에서 [Cancer]로 변질될 수있는 것을 완벽하게 조절할 수있어야 한다.

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2006-08-11

• contagious cancer in dogs confirmed origins traced to wolves centuries ago -- Biology News Net

• firstever genomic test predicts which lung cancer patients need chemotherapy to live -- Biology News Net

  • : 초기단계의 LungCancer 조직을 수술로 절제하여, m[RNA]를 추출한 후 MicroArray 실험을 통해, gene의 발현패턴을 분석하여 [Chemotherapy]를 할것인가를 판단하는 것에 관한 연구가 임상시험단계에 들어갔다는 이야기. 이제 서서히 환자에 대해서 chip을 이용하기 시작하는 것 같다. 마지막 부분에 보통 MicroArray를 [Cancer]에서 어떻게 실험하는 지에 관한 설명이 간단하면서도 잘 되어있는것 같다.

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2006-08-10

• the shape of life research sheds light on how cells take shape -- Biology News Net

  • : "Chemical bonding and mechanical instability were responsible for the stripes."

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2006-08-09

• Bio::Blogs에 관하여 -- SoapLife Blog

  • : [Bioinformatics]와 ComputationalBiology에 관해 한달에 한번 추천할 만한 Blog의 내용을 포스트하는 것.

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2006-08-07

• • : 내가 BioHackersNet에 오면, GoogleAdSense는 대부분 영어에다 MicroArray의 광고가 전부였다. 그래서, 지난번 모임때 나는 한글광고는 거의 보지 못했다고 했는데, 바로 오늘 보게되어서 바로 캡쳐했다. [yong27]의 [대장금]관련 내용에서. 프랑스요리는 이해가가는데 법무법인은 무슨 관계가 있는지...

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2006-08-04

• - Tools needed to nevigate landscape of the genome -- Media Lab Blog

  • : 지난번 모임에서 [yong27]님께 GAVI에 관한 질문을 했었는데, 그 사용용도에 대해서 내가 잘못알고 있었다. local programe은 아니지만, 이런것이 필요하다는 것은 확실한것 같다.

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2006-08-03

• 테터툴즈에서 원하는 스킨 티스토리에 적용하기 -- coolvoy.com

  • : 지난번 모임에서 [yong27]님이 말씀하시던 것이 생각나서....

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2006-08-02

• no cell walls no new cancer cells -- Biology News Net

  • : 새로운 cell이 만들어지려면, 기존의 cell이 분열하여 두개의 cell로 나누어지게 되고 이러한 과정은 CellCycle이란 mechanism에 의해 조절된다. 본 연구는 SREBP1란 단백질이 CellCycle과정 중에 새로운cell wall을 만드는 데 필요한 lipid의 합성을 조절하는 것을 발견하였다. 즉, SREBP1 단백질이 없으면 lipid를 만들 수 없고, lipid가 없으면 새로운 cell을 만들수 없기 때문에 정상 cell보다 비정상적으로 증식하는 cancer와 같은 질병을 치료하는 데, target이 될 수 있을 것이다.

    • cancer의 MicroArray data를 분석해 보면, cell의 증식에 관련된 gene들 뿐만아니라, 여러 metabolism에 관여하는 gene들의 발현이 증가하는 것을 볼 수 있는데, 이러한 내용과 연관이 있지 않을까 생각된다. -- terra19 2006-08-02 10:43:51

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2006-08-01

• penn_researchers_find_role_for_micrornas_in_angiogenesis -- Biology News Net

  • : 주로 Biology News Net의 기사를 여기에 적는 것은 매일 어떤 내용들이 올라와 있나 확인하기 때문이고, 또 하나는 다른 사람들의 연구 내용을 읽고, 간략하게 요약을 하므로써 연구에 관한 사고의 폭을 넓히고 새로운 아이디어를 얻으려하기 때문입니다.

    • 전체적인 내용은 microRNA가 angiogenesis와 관련이 있다는 것으로, 앞으로 microRNA가 cancer therapy의 target이 될 수도 있다는 이야기. oncogene으로 알려진 MYC가 Petri dish에서는 inactive하고 animal model에서는 hyperactive해지는 것에 대하여 의문을 가지고 연구를 시작하게 되었고, MicroArray method를 이용하여 192개의 pro- or anti-angiogenesis molecule이 있거나 없을때 MYC가 있는 cell과 없는 cell에서의 mRNA을 변화를 확인하였다. 그 결과 thrombospondin-1 protein과 연계되어 anti-angiogenesis molecule들을 억제하는 것으로 확인 되었다. 즉, angiogenesis의 속도가 늦춰지는 것을 막는다는 것. MYC가 microRNA의 중요한 regulator로 작용하고 miR-17-92라는 microRNA cluster를 발견하여, MYC와 thrombospondin-1간의 연결고리를 발견하게 되었다.

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