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2006-11-28

• 나는 무엇인가를 키우는데 소질이 없는 것 같다. 첫번째는 스타벅스 매직콩이었는데, 이것이 너무 잘 자라서 실험실에서는 키우기 어려울 것 같아 밖에 잠깐 내놓았다가 완전히 신경을 놓아버려서 말라 죽었고, 이번에는 스타벅스 허브 무슨 밤인가 였는데, 그리 크게 자라지 않을 것 같아서 잘 키워야지 했지만 결국 아예 싹이 자라지 않아서 실패했다. 무엇인가를 기른다는 것은 책임이 따르기 마련이고 항상 주의를 기울여야 하는데 나는 그런 점에서 부족한 사람이다.

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2006-11-22

• dragonflys metabolic disease provides clues about human obesity -- Biology News Net

{{| The discovery expands the known taxonomic breadth of metabolic disease and suggests that the study of microbes found in human intestines may provide a greater understanding of the root causes of human metabolic dysfunction. |}}

• : Dragonfly의 장내에 metabolism을 방해하는 microorganism을 넣었을 때, 어떠한 변화가 있는지 관찰해보니 염증반응이 일어났고 metabolism의 변화가 발생하였다는 내용. 본 연구진에서는 인간의 type2 당뇨병이나 비만과 같은 질병이 유전적인 요인에 의한 결과 뿐만아니라 장내의 환경변화와 같은 요인으로도 질병이 일어날 수 있다는 간접적인 증거를 밝혀냈다.

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2006-11-21

• worlds smallest cancer detection device -- Biology News Net

{{| The Einstein and Albany researchers will use nanotechnology, which involves studying and working with material on the molecular level, to design a "microchip" version of the artificial blood vessel that Dr. Condeelis has used successfully in animals. The microchip will be assembled from nanoscale components so that several different functions can be carried out within a very small package. The goal: to implant these tiny microchips – just two to three cells in diameter and a tenth of a millimeter in length – in human tumors, where they would remain for days or weeks. The chips would report remotely to scanners that would "read" them on the nature of the cells that infiltrate them--in particular, on whether metastatic cells are present that would call for more aggressive cancer therapy. |}}

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2006-11-20

• Cancer as an evolutionary and ecological process -- PubMed

{{| Abstract : Neoplasms are microcosms of evolution. Within a neoplasm, a mosaic of mutant cells compete for space and resources, evade predation by the immune system and can even cooperate to disperse and colonize new organs. The evolution of neoplastic cells explains both why we get cancer and why it has been so difficult to cure. The tools of evolutionary biology and ecology are providing new insights into neoplastic progression and the clinical control of cancer. |}}

• Ms. Dewey

  • : 검색하고 싶은 단어를 치면, 여러 형태의 반응을 보임. 이것이 AI를 이용하는지는 잘 모르겠음.

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2006-11-18

• does natural selection drive the evolution of cancer -- Biology News Net

{{| The dynamics of evolution are fully in play within the environment of a tumor, just as they are in forests and meadows, oceans and streams. This is the view of researchers in an emerging cross-disciplinary field that brings the thinking of ecologists and evolutionary biologists to bear on cancer biology. |}}

• : [Cancer]를 치료하기 위해 많은 노력과 연구를 진행해 왔지만, 아직까지도 [Cancer]를 치료하는 데 성공하지 못하고 있다. 그 이유는 여려가지가 있는데 본 내용에서는 생물이 진화하는 관점에서 [Cancer]도 진화를 하기 때문에 한가지 방법으로는 치료가 불가능하고 여러가지 진화적인 관점에서 이해하고 접근해야 한다는 것이다. 저자는 [Cancer]가 자연선택의 상황에 놓이게 되는 세가지 필요충분조건을 가지고 있다고 설명했는데, 첫째는 다양한 유전적 변이가 있는 개체들로 이루어져 있다는 것이다. 이것은 [Cancer]를 각각의 세포로 나누었을 때, 각기 다른 유전적인 변이(Genetic Mutation)를 가지고 있다는 사실로 부터 알 수 있다. 두번째는 이러한 유전적 변이가 유전된다는 점인데, 한 [Cancer] [Cell]이 두 세포로 나누어질 때, 자신이 가지고 있던 Mutation이 자녀세포(daughter [Cell])에게도 전달된다는 것이다. 마지막 이유는 이러한 [Cancer]내의 다양성이 여러가지 환경변화에 적응하는 데 작용하여, [Cancer]가 증식하는 데 도움이 된다는 것이다. 즉 [Cancer]는 비정상적으로 증식할 뿐만아니라, 면역시스템이나 항암치료와 같은 자신에게 불리한 환경에 직면하게 되면, 다양한 Mutation을 가지고 있는 개체 중에서, 그 환경에 적응할 수 있는 개체가 자연적인 선택으로 다른 [Cancer] [Cell]보다 더 많이 증식하게 되고, 그 자식세포들을 원세포의 Mutatoin을 물려받게 되어, 그러한 변화된 환경에 빠르게 적응할 수 있게 된다는 것이다.

• mayo clinic gene expression profiling not quite perfected in predicting lung cancer prognosis -- Biology News Net

{{| Dr. Yang, a researcher with Mayo Clinic's Department of Health Sciences, said that while gene expression profiling has been successfully used to classify various tumors and assess tumor stage, metastasis and patient survival rates, the evidence suggests that gene-based prediction for lung cancer is not yet entirely dependable. However, some results have been promising: gene profiling has reliably predicted patient survival for lung adenocarcinoma almost as well as established predictors. |}}

• : MicroArray와 같은 Gene Expression Technology를 이용해서, Cancer의 진단이나 치료에 이용하려는 시도가 많이 되었으나 본 내용처럼 아직까지 환자에게 적용하기에는 부족한 점이 있다. 특히, 기존의 방법에서 정상과 암환자에서 차이를 보이는 Gene을 선택하는 방법은 종양의 분화(tumor differentiation)와는 연관성이 있지만, 임상적 회복(clinical outcome)과는 연관성이 없다는 부분이 중요한 요점이라 생각된다.

gene expression profiling을 연구하는 medical scientist가 고려해야 할 점

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• Clearly define a study aim. The main focus in microarray studies should explore the molecular explanations for varied clinical outcomes given a group of patients with similar clinical and pathological characteristics.
• Lay out and compare alternative study designs
• Carefully select samples in terms of size, quality and unambiguous clinical outcomes
• Understand the limitations of DNA microarray
• Provide clinically relevant interpretation from the study results and address the value added in practice

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2006-11-17

• 연세 암연구소 국제 암 심포지움 : 주제 - "Emerging role of [NanoMedicine]: Opportunities and Challenges"

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2006-11-15

• 옛말에 머리가 복잡해지고, 무엇을 해야 할지 모를때에는 "처음으로 돌아가라."고 했다. 그래서, 처음으로 돌아가려 한다.

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2006-11-14

• novel vaccine shows promise against earlystage breast cancer -- Biology News Net

{{| Patients with HER-2/neu overexpression were given a therapy of dendritic cells (DC, which work with the B- and T-cells to trigger immune responses) that were treated with HER-2/neu to evoke an immune response. The participants received four weekly vaccinations into normal lymph nodes in their groins and were evaluated both pre- and post-vaccination for immune response, level of HER-2/neu expression, and cell infiltrates. |}}

• : 초기 단계의 유방암인 DCIS(ductal carcinomas in situ, or early stage cancer formation in the breast's milk ducts)는 50~60%가 HER-2/neu over-expression하는 세포들이 주를 이루는 데, Immune Cell인 [DC]([DendriticCell])을 이용하여 미리 [DC]를 HER-2/neu로 교육시킨 후, 환자의 몸에 다시 넣게 되면 [DC]는 T cell에게 알려주는 역할을 하게되고, CD4+ T cells이 HER-2/neu를 over-expression하는 세포를 찾아서 없애게 된다.

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2006-11-13

• 정혜신의 그림 에세이

• one signal elicits thousands of answers -- Biology News Net

{{| Cell signaling mechanisms often transmit information via protein modifications, most importantly the reversible attachment of phosphate, the so-called protein phosphorylation. Researchers at the Max Planck Institute of Biochemistry in Martinsried have now developed a technology to identify and quantify the specific sites in proteins that get phosphorylated in answer to certain stimuli in living cells. Under the lead of Matthias Mann, the scientists found 6,600 phosphorylation sites - 90 percent of which were unknown - in 2,244 proteins and observed their temporal dynamics. All these phosphorylation sites are now listed in the newly created Phosida database to make them available for efficient use by scientists working in different areas, among them tumour researchers: Defects in cellular signaling often occur in many types of cancer (Cell, November 2, 2006). |}}

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2006-11-10

• The django Book -- likejazz.COM blog

  • : 다른 분들께서 언급하셨듯이 코멘트 다는 것이 정말 예술이군요.

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2006-11-09

• 조각모음 후 컴퓨터 자동종료하기

• 장문의 글을 다쓰고 미리보기를 눌렀다가, 저장하기 전에 창을 닫아 버렸음...

• comprehensive model is first to map protein folding at atomic level -- Biology News Net

{{| The model developed by Shakhnovich and colleagues faithfully describes and catalogs countless interactions between the individual atoms that comprise proteins. In so doing, it essentially predicts, given a string of amino acids, how the resulting protein will fold -- the first computer model to fully replicate folding of a protein as happens in nature. In more than 4,000 simulations conducted by the researchers, the computer model consistently predicted folded structures nearly identical to those that have been observed experimentally. |}}

• : 단백질의 구조에 이상이 발생하였을 때, 질병이 생긴다는 것은 오래전 부터 알려졌었고 이러한 사실 때문에 질병과 관련된 단백질의 구조를 밝히는 것이 매우 중요한 연구분야였다. 본 내용에서는 단백질의 3차구조를 computer를 이용해서 원자적인 수준에서 모델링하는데 처음으로 성공하였다는 내용이다.

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2006-11-08

• protein structure initiative launches new resources for the scientific community -- Biology News Net

{{| Next year, it will create an information hub where researchers can search for and submit structural information. Meanwhile, PSI scientists will continue to develop new methods and tools for protein structure studies that are being commercialized by industry for mainstream use. |}}

• : PSI라는 protein structure에 관한 정보와 기본 내용들을 보관하고, 그것들을 이용해서 과학자들이 정보를 이용하거나 분석할 수 있도록 하는 community가 있는데, 이러한 노력으로 예전에 비해서 단백질의 구조를 분석하고 이해하는데 많은 시간이나 비용이 줄어들었다. 하지만, 어떻게 보면 이를 통해 미국과 같은 나라가 앞으로 전개될 생명공학 산업에서 엄청난 지식을 선점하고 있다는 이야기로도 볼 수 있기 때문에 후진국들과 비교했을 때 지식에 대한 격차가 벌어질 수도 있다고 생각한다.

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2006-11-03

• single molecule extends fat mice lives by reversing gene pathways associated with disease in obese -- Biology News Net

{{| "The "healthspan" benefits we saw in the obese mice treated with resveratrol, such as increased insulin sensitivity, decreased glucose levels, healthier heart and liver tissues, are positive clinical indicators and may mean we can stave off in humans age-related diseases such as type 2 diabetes, heart disease, and cancer, but only time and more research will tell," says Sinclair, who is also a co-founder of Sirtris, a company with an author on this paper and which is currently in a phase 1b trial in humans with diabetes using an enhanced, proprietary formulation of resveratrol. |}}

• : mouse를 가지고 standard diet (SD), high calorie diet (HC), treated with resveratrol (HCR) 이렇게 세그룹으로 나누어서 실험을 진행하였는 데, HC에 비해서 HCR이 거의 SD와 같은 상태를 유지하는 것으로 나타났다. 즉, resveratrol을 투여한 쥐는 fat이 첨가된 고열량 식사를 했지만 건강하고 오랜기간 동안 수명을 유지하였다.

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2006-11-01

• VectorNti를 academic version으로는 공짜로 쓸 수 있다고 해서, web site에 들어갔는데, login이나 registration을 하는 페이지로 이동이 안 된다. 어떻게 한거냐?

• adults who go to bed lonely get stress hormone boost next morning -- Biology News Net

{{|In addition to noting that loneliness the night before predicted higher cortisol the next morning, Adam and colleagues found that people who experience anger throughout the day have higher bedtime levels of cortisol and flatter overall levels of the stress hormone, typically considered a risk factor for disorder. "High levels of cortisol in the evening are a kind of biological signature of a bad day," Adam noted.

The study also provided evidence that, in addition to simply being at the mercy of your daily experiences, cortisol also plays a role in influencing them. Individuals with lower levels of cortisol in the morning experienced greater fatigue during the day, a result with potential implications for understanding chronic fatigue.|}}

• : 10월의 마지막 밤을 무사히 보내고, 상쾌한 마음으로 실험실에 왔는데, 뭔 이런 cortisol level 올라가는 내용이라니...

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