 이름: Yong (yong27@nownuri.net)
( 남 ) 홈페이지: http://biohackers.net 2001/7/17(화) 01:12 | |
 Re..축하^^ 스스로 하신겝니다. 스스로요.. ^^ 참고로 몇가지 더 말씀드리면, 1CPU로 nr 돌리는걸 웹서비스로 하는건 무립니다. 그러자니... 별 쓸모가 없는것처럼 여겨지네요.. 흑.. 2CPU 1G RAM 정도면 문제없습니다. 2-3초내에 화면 넘어옵니다. 그리고, CPU갯수가 달라지면 .rc 화일내의 CPU갯수설정을 다시하시고요.. SMP는 확실히 지원된다고 하는데 베어울프 클러스터링은 어떻게 되는지 확실히 모르겠네요... 병렬프로그래밍을 다시 해야한다고하기도 하고, 소스를 좀 보면 바꿀 수도 있을 듯 싶은데... C가 약하다 보니 ^^; 혹시, BLAST의 병렬응용에 대해 아시게 되시면, 저한테도 갈켜주심 감사 ^^ 진짜로 BLAST 프로그램을 제대로 응용하는건 standalone BLAST설치해다가 스크립트랭귀지로 연동하는 겁니다. 매우 다양한 사용자욕구에 만족시킬 수 있죠... 저또한 현재 고민중... 1) with/without client-server support의 차이가 무엇인지... 일명 CS라고 하죠.. wwwBLAST, standalone BLAST외에 CS BLAST도 있습니다. 웹은 모두에게 열려있으나, 성능면에 문제가 있어서 이를 서버-클라이언트용 어플리케이션으로 만든거고... 이걸 써먹을라면 클라이언트용 프로그램도 있어야만 그 서버쪽 BLAST를 사용할 수 있습니다. 자세히는 저도 안해봤지만, 아마도 성능향상을 위해, 그리고 일부 랩에서만 쓰고자 할경우 이를 웹형태로도 사용하도록 해주는 서비스인것 같습니다. 2) 꼭 blast home에만 있는 DB를 사용해야 하는지.. ( Swiss-prot에 있는 DB를 가져다가 formatdb했더니..에러가 생기더라구여.. ) 질문을 제대로 이해한건지 모르겠지만, 아마도 FTP로 다운받은 DB를 말씀하시는듯.. 압축푼다음 내용을 보면, FASTA포멧으로 되어있는 텍스트화일입니다. 따라서 이런 형식으로 어떤것이든지 자기가 만들어놓으면 BLAST DB로 활용할 수 가 있는겁니다. SWISS-PROT은 원래 단백질주석디비고, 포멧이 다르지요, 하지만, 이를 FASTA포멧으로 변경한다음에 formatdb하면 써먹을 수가 있겠죠... FTP에 있는 blast/db/swissprot 은 이런 방법으로 변경한거고요... 많이 연구해보시다가... 좋은 정보구하시면 저도좀 알려주시길 ^^ |
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