 Re.. 답변입니다. HTS(High Throughput Screening)이란.. 대량으로 데이타들을 얻어내는 실험기법입니다.
대표적으로, Proteomics, DNA microarray, Large scale sequencing등이 이에 속하죠
앞글에 말씀드린것 처럼,
최근 분자생물학의 실험구조 자체가 확 바뀌여가고 있는 추세이고요..
이들 실험기법들은 데이타들이 엄청나게 쏟아집니다.
이들을 다 제대로 분석하려고 하니, 생물정보학의 중요성이 커지는거죠
데이타가 많아지면, 이들을 손수 손으로 Copy&Paste한다는건 무리죠
이들을 자동화할수 있는 프로그램들을 만들어 직접 사용할 수 있어야 합니다.
이런분야에는 주로 스크립트 랭귀지가 쓰이게되고...
제홈에도 소개하고 있는 파이썬 역시 이런 목적으로 활용됩니다.
두가지 방법이 있습니다.
하나는 이들(Genbank, SWISS-PROT등등)을 직접 로컬로 자기컴퓨터에 설치하고
쉽게 엑세스하는 프로그램을 만드는거고... 이건 좀 큰 작업입니다. 컴퓨터도 좋은
서버급이여야하고...
또, 하나는 스크립트랭귀지내에... 님의 작업을 자동화할 수 있는
다양한 방법들이 있고... 이걸 적절하게 프로그래밍하서 쓰는 방법이 있습니다.
그러기 위해선, 파이썬, 펄등의 스크립트 랭귀지를 익히셔야합니다.
Biopython, Bioperl등의 스크립트랭귀지 내부 모듈들이 있는데
이는 위 데이타베이스들 genbank, PDB, EMBL, PIR-International,SWISS-PROT, OMIM, Rebase에 접속하고, 검색하고, 파싱하는 내용을 포함합니다.
(scavenge pathway 관련) 모든 유전자 군 전체를 가지고 하고 있거든요.
구체적으로 목표가 어떤것인지... pathway network를 작성하고자 하신다면,
서열만 가지고는 안되고, 이 서열들의 cDNA로 DNA Microarray를 해야합니다.
혹은, 이 서열들의 cDNA로 yeast two hybrid실험을 해서 protein-protein interaction map을 그릴 수도 있을껍니다. 단지 이들 유전자 군으로 컴퓨터를 활용하는건, 개개의 앞서말씀드린 분석방법밖엔 없는 걸로 생각됩니다... 아마도...
혹시.. 다른 방법들이 있을지는... 좀더 공부해봐야알듯.. ^^
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이름: Yong (
