BioArraySoftwareEnvironment

http://base.thep.lu.se

많은양의 MicroArray실험을 관리하면서 분석을 할수 있는 프로그램. 오프소스이며, 기반이되는 프로그램들도 오픈소스프로젝트 프로그램들임. MicroArray특성상 여러번의 실험을 하고, 다른 실험결과들 까지 다루게 되면 관리도 어려워질뿐만아니라 의미있는 데이터를 찾기가 어려워진다고.. 이럴때 필요한 프로그램.

• BaseInstall -- 우분투에 BASE 설치하기.

• [http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide UsersGuide]

• http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- R과 연동이 가능한 plug-in을 제공

[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- ["cyppi"] DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)

• 제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다. -- ["terra19"]

Tips

1. plug-in의 application software가 실행되지 않을때

vi /usr/local/base/config.inc.php

$config["mysql.localinfile"]=0;에서 0을 1로 바꾼다.

/usr/local/base/bin/base.server start

2. reporter format이나 result file format의 column내용을 변경하고 싶을 때

: install을 하기 전에 base/include/local을 보면 raw_colums.inc.php와 repoter_columns.inc.php가 있는데, result file은 raw_colums.inc.php를 reporter format은 reporter_columns.inc.php의 내용을 보고 변경을 한 후 install을 수행한다.

CategoryProgramBio