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스팸봇이 자꾸 로그인, 글쓰기 시도를 하는데, 글쓰기는 막았지만, 로그인은 계속되다보니 엄청난 스팸계정이 생성되었습니다. 결국 로그인만 시도해도 메모리 풀. 그리하여, 당분간 로그인 기능을 막습니다. 계정을 원하시는 분은 따로 yong27에게 알려주세요. -- yong27 2014-04-08 13:29:29


bioinformatics 관련한 자료수집도중에 오게되었습니다

뭔가 대단한 사이트로군요 글을 이렇게 적으면 되는건지요?

  • 네 이렇게 적으면 됩니다. 천천히 보시면서 궁금한 점 있으시면 물어보세요. 실로 오랜만에 찾아주신 방문자님 -- yong27 2013-04-08 08:40:03


Linux 에서 PAUP 실행하시는분 조언 부탁 드립니다.

안녕하세요.

수많은 사람들이 MAC 에서 PAUP 을 실행하기는 하는데.. 전 지금 Linux 에서 PAUP 작업을 해야해서요. 제 파일들이.. full genome 인 관계루다가.... MAC 에서는 감당이 안될듯해요..

음. 기본적인 것.. 어찌 파일 불러서 실행 시작하는지.. 등은 알겠는데...

제가 하구 싶은건 Maximum Parsimony phylogenetic tree , Maximum Likelyhood Phylogenetic tree, Neighbor Joining Phylogenetic tree, Baysian phylogenetic tree 구해서 분석을 하구 싶은데..

boot strap 1000번 정도 그래서 그 1000개의 tree 를 .summarized 하여 tree 를 그려서 그 트리의 노드에는 bootstrapping value 값을 100으로 환산하여 보여주구 싶은거죠

조금 더 정보를 나열하자면

1. NJ 경우

  • Bootstrapping : 1000 Kimura2 ti/tv 값을 사용

2. ML / Baysian 의 경우 best model을 fitting 한 상태이며 그 정보는 모두 가지고 있음.

  • 이것두 Bootstrapping : 1000 이고

    Baysian의 경우 MrBayse 이용했는데 이때사용할 MRbayse block 을 어찌 써야는지 부탁합니다.

3. MP 의 경우

  • 이것두 Bootstrapping : 1000 이고 CI,RI, HI value 저장해야구요

.nxs 파일 끝에다가 어떤 내용으로 파업 블럭을 만들면 되는지 아시는분~~~

조언 부탁 드립니;다.

물론 데이터에 따라서 달라지겠지만 대략적인 outline 이라도 알려주시면 감사하겠습니다.

example> 이건 지금 제가 작업 중인건데....

  • begin paup; log start file = test.log; set autoclose=no criterion=distance torder =left notifybeep=yes increase=auto; dset distance = K2P subst=all; nj; lscores 1/scorefile=test .sf ; bootstrap nreps=1000 search=NJ; contree all/strict=no majrule=yes treefile=test _con.tre; end;

뭐 일케써서 돌리긴 했는데... 제대루 한건지 솔직히 자신이 없어서리....

많은 조언 부탁드립니다.


누가 이 녀석 좀 데려가세요~! 홈주인이 장가를 안가고 있습니다. 댓글 시~~작!! >>

  • 아무도 댓글을 안답니다. -- yong27 2009-05-08 15:04:28


안녕하세요. 우연히 들렀습니다. 저도 몇년 동안 개인위키로 MoinMoin을 사용해왔는데, 그간 너무 느리고 답답하다고 느꼈었는데, 지금 사용하시는 버전은 158인듯 한데 상당히 빠르네요. 어떤 다른 방법을 취하신건가요? 저도 이정도 속도만 되도 고민 없이 계속 사용할 것 같은데 궁금해서 글 남깁니다. 좋은 날 되세요. --frog@2009-03-13

  • MoinMoin 사용자분 뵙기 쉽지 않던데, 반갑습니다. 특별한 조치랄것은 없구요, ModPython에 물려서 쓰고 있습니다. 예전 리눅스 배포판에서는 설치가 좀 까다롭고 뭔가 잘 안돌아가는 듯 했던 것이 UbuntuLinux에서 패키지로 설치하니까 간단하고 또 문제없이 쓰고 있어요. 요즘은 버전이 1.8대까지인가 되던데, 1.6으로 넘어가면서 일부 위키문법이 바뀌여서 바꿔주기 귀찮기도 하고 그냥 쓰고 있는 중입니다. -- yong27 2009-03-13 21:55:32

    • 웹호스팅받는 여건상 다른 그냥 cgi로 사용했었는데 이렇게까지 차이가 나는줄은 몰랐어요. 글쓰기에 쾌적한 환경도 중요한것 같아서 고민하다가 별도 서버 사용 환경을 구성해서 직접 셋업해보았습니다. MoinMoin홈페이지에 보니까 요즘 modpython보다는 wsgi추천하더라고요. 사용해보니 이곳하고 비슷한 속도가 나오는것 같네요. 아무튼 좋은 영감?을 주셔서 감사합니다. 버전은 과감하게 1.8버전 설치했봤는데 문법이 많이 바뀌었네요. 기존 매크로 링크들이 글링크로 바뀌어버려서 난감합니다 :p --frog2009-03-15

      • 변환스크립트 만드셔서 알려주세요 :) -- yong27 2009-03-16 03:08:11

안녕하세요. 오랜만에 글 남겨 봅니다. (스팸때문에 홈 페이지 수정 권한이 막혀있는 것 같네요. ;-) )

Me2Day라는것으로 다시 인연이 닿을 줄은 몰랐습니다. 반갑고 감사한 마음을 남기기에 Me2Day는 적절하지 않은 것 같아, 여기에 남깁니다.

전 한동안 개인위키를 꾸려나가다가 600페이지쯤 되었을 때 이런 저런 사정으로 접었었는데, 꾸준히 운영하시는 것을 보니 존경스럽습니다. 3564개의 페이지라니 하루에 한 페이지씩 만든다고 쳐도 10년은 걸리겠네요 :D

워낙 ROM족 성향이 강하지만, [yong27]님께 감사 인사를 드리고 싶어서 끄적여 보았습니다.

항상 행복하시길 빌겠습니다. =)

-- Aha00a

  • 감사합니다. 요즘 아하에너지이슈로 오해를 좀 사셨겠어요? ; 위키에 기록해온지 꽤 됐죠. 지금은 여기에서 과거의 자신과 소통하고 있다는 생각이 듭니다. 물론 지금 적는 이 내용도 미래의 나와 소통하기 위한것이겠죠. ; 자주 보아요. -- yong27 2008-11-12 14:22:34


여기 위키의 LemonPen을 빼기로 했습니다. 몇개 스타일이 충돌하는 현상도 있구. (특히 소스코드) 어짜피 위키인데, 특별히 필요해보이지 않아서요. -- yong27 2008-09-25 10:56:51

  • 잘 하셨어요. 저도 처음에 페이지가 로딩 될 때 이상했어요. -- terra19 2008-09-25 11:35:52


저 서울에 돌아왔어요. 오랜만에 BioHackres 모임해요. 22-26일 사이에 ... 어때요? 저는 금요일은 다들 일이 있을 테니. 목요일 저녁 어떨까 생각하는데요. 뭐.. 다른날도 특별한 일이 있진 않습니다. ; -- neosphere 2008-09-20 11:20:12

  • 목요일 약속있어!! 음... 토요일 어때? -- yong27 2008-09-20 18:30:08

    • 제가 토,일에는 일있어서 안되요.. ㅠㅡㅠ -- neosphere 2008-09-26 15:00:47


은근슬쩍 All 에게 write 권한을 줬습니다. 뭐, 또... 다시 스팸이 극성이면 돌아갑니다. -- yong27 2008-06-03 10:22:23

  • 이건 뭐... 1시간도 안되서 바로 스팸이... 다시 돌아갑니다. ㅡ.ㅡ;

    • MoinMoin 1.6 부터 지원되는 TextCha를 써보는게 어떨까요? 제 위키에 한글 문답으로 했더니 스팸이 아예 들어오지 못합니다. -- Guest

      • 1.6으로 올라갔다가, 바뀐것들이 많아서 일단 다시 내려왔어요. 조만간에 올라갈껍니다


세미나 참고


(문의) 활동 해 보려고 가입했는데 제 아이디에 해당하는 thej23 페이지에서 Create my home page now! 를 클릭하면 "이 문서를 고칠 수 있는 권한이 없습니다." 라고 나오는 이유는 무엇인가요? 다른 페이지를 만들어 보려고 해도 마찬가지군요.. 권한이 없다고만 나오니.. -- thej23 2008-03-29 22:36:05

  • 이 페이지가 TopInsert 방식이라서, 위로 옮겼습니다. 바로 아래의 공지처럼, 과도한 스팸으로 인하여, BhnGroup 만 글 쓸 수 있도록 수정했었습니다. thej23을 추가할께요. [이곳은] 모든 내용이 편집 가능합니다. 같이 만들어나가는 집합적 지식이 되길 바랍니다. -- yong27 2008-03-31 10:53:26


계속되는 스팸을 더이상은 참을수 없어서 당분간 글쓰기를 제한합니다. BhnGroup에 속한 사용자들만 글쓸 수 있습니다. 글을 쓰고자 하시는 분은 yong27에게 연락주시면, BhnGroup에 넣어드립니다. -- yong27 2008-02-25 08:20:38

  • 그 동안 고생많으셨어요. 이 지긋지긋한 스펨. 아! 그리고 picxenk님 이름이 잘 못되어 있는 것 같아요. -- terra19 2008-02-26 11:53:11

    • 수정했어요 감사합니다.~


(문의) Python2.5버젼에서 IDLE이나 commandline mode에서 code 테스트를 할때 에러가 발생합니다. 무엇이 문제일까요?

Python IDLE 에러 -- terra19 2008-01-11 11:42:05

  • 엥~ 제컴퓨터에서 윗처럼 그대로 해봤는데, 잘 되던데요? 뭐가 문제일까나... -- yong27 2008-01-11 13:59:29

    • 아무래도 IDLE상의 문제인 것 같아요. 될때도 있고 안될때도 있고... 미투데이글 -- terra19 2008-01-11 15:02:19


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