BioArraySoftwareEnvironment

http://base.thep.lu.se

많은양의 MicroArray실험을 관리하면서 분석을 할수 있는 프로그램. 오프소스이며, 기반이되는 프로그램들도 오픈소스프로젝트 프로그램들임. MicroArray특성상 여러번의 실험을 하고, 다른 실험결과들 까지 다루게 되면 관리도 어려워질뿐만아니라 의미있는 데이터를 찾기가 어려워진다고.. 이럴때 필요한 프로그램.

• BaseInstall -- 우분투에 BASE 설치하기.

• BaseTips -- BASE에 관한 여러 TIP들.

• [http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide UsersGuide]

• http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- R과 연동이 가능한 plug-in을 제공

[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- ["cyppi"] DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)

• 제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다. -- ["terra19"]

Tips

• plug-in의 application software가 실행되지 않을때

vi /usr/local/base/config.inc.php

$config["mysql.localinfile"]=0;에서 0을 1로 바꾼다.

/usr/local/base/bin/base.server start

• reporter format이나 result file format의 column내용을 변경하고 싶을 때
  • : [BASE]를 install한 후, [Database]에 base table을 생성하기 전에 수정한다.

수정할 file

• : ~/base/include/local/reporter_columns.inc.php, ~/base/sql/base_mysql.sql

• reporter_columns.inc.php의 경우

function getColumns($includeImmutable = false)
        {
                static $a = array(
                        array("identity",                       XCOL_INT,                       "Identity",                     2),
                        array("sequence",                       XCOL_LONGSTRING,        "Sequence",                     0),
                        array("ensembl",                        XCOL_LONGSTRING,        "Ensembl",                      1),
                        array("uniGene",                        XCOL_LONGSTRING,        "UniGene",                      1),
                        array("chrLocation",                    XCOL_LONGSTRING,        "Chr Loc.",                     1),
                        array("refSeq",         XCOL_STRING,            "RefSeq",               3),
                        array("interPro",                               XCOL_STRING,            "InterPro",                             2),
                        array("chromosome",             XCOL_STRING,            "Chrom.",                       3),
                        array("cytoBand",                       XCOL_STRING,            "Cytoband",                     3),
                        array("locusLink",              XCOL_STRING,            "LocusLink",            3),
                        array("omim",                           XCOL_STRING,            "OMIM",                         2),
                        array("annoDate",       XCOL_DATETIME,                  "Anno Date",            3),
                );

에서 column을 추가하거나 삭제한다.

• base_mysql.sql의 경우

CREATE TABLE Reporter (
  id mediumint(9) NOT NULL auto_increment,
  reporterId varchar(255) NOT NULL default '',
  species varchar(255) NOT NULL default '',
  clusterId int(11) NOT NULL default '0',
  geneName varchar(255) NOT NULL default '',
  geneSymbol varchar(255) NOT NULL default '',
  lastUpdate datetime NOT NULL default '0000-00-00 00:00:00',
  sequence text,
  location varchar(255) default NULL,
  refSeq varchar(255) default NULL,
  ensembl varchar(255) default NULL,
  uniGene varchar(255) default NULL,
  entrez varchar(255) default NULL,
  cytoBand varchar(255) default NULL,
  locusLink int(11) default '0',
  omim int(11) default '0',
  PRIMARY KEY  (id),
  UNIQUE KEY reporterId (reporterId),
  KEY geneName (geneName)
) TYPE=MyISAM;

주의사항 : 모든 user-defined column들은 default를 NULL로 만들어야 함.

• 위 file에서 id부분부터 lastUpdate는 내부적으로 다른 기능들과 연관이 있으므로 삭제하지 않는 것이 좋다.

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