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CodeFest/20051210 에 참가한 이야기
참가준비
BioHackers에서 했으면 하는 주제를 적어 봅시다. 이들 가운데 하나를 선택하죠.
- [GO] [Graph] visualization and navigation tool
- [GO] term finder 의 [Python] 버전
BioMultiParser - Multiple file format parsing tool in Biological data (in python) : 여러 형태의 파일에서 필요한 정보만을 parsing해서, Database에 저장하거나 표준형태의 output으로 출력. 복잡한 biological data format에 관한 이해와 그것을 효율적으로 parsing하는 방법, 어떻게 저장하고 출력할 것인가에 관한 의견교환 및 토론.
BioPython에는 [GO]관련 모듈이 없다. BioPerl의 [GO]관련 모듈을 참고하여 이를 완성하고, BioPython 커뮤니티에 보낸다.
참가준비 쓰레드
이번주 토요일이면 빨리 논의 해야 되지 않나요? 구체적인 이야기를 해야 될것 같은데... -- terra19 2005-12-05 17:52:00
주제를 빨리 정해야할텐데... 하루만에 할만한 제대로된 스펙을 구성하기가 쉽지 않네요. 일단 등록신청은 했습니다. 다른분들도 등록신청 하세요. -- yong27 2005-12-06 10:50:34
오늘이나 내일 중에 시간을 정해서 1시간정도 IRC channel에서 on-line meeting을 하는 것은 어떤 가요?(원할한 의사소통을 위해 한글로) -- terra19 2005-12-06 11:55:32
저는 항상 IRC 에 대기하고 있습니다. -- neosphere 2005-12-06 13:30:46
일단, 마지막 프로젝트로 등록을 하였습니다. -- yong27 2005-12-06 15:07:49
저는 오늘에서야 등록을 했습니다. -- cyppi 2005-12-08 16:31:28
code fest 출전 하시나봐요. 다들 잘 하시니 기대할께요. -- [연두]
연두씨도 와요! -- yong27 2005-12-09 22:27:10
참가자 명단
[terra19], [yong27], [neosphere],[cyppi], [Aha00a]
프로젝트 준비
[GO] 관련 정보
BioPerl에서 사용되는 GO관련 module
BioPython GO 지원 정보 검색
- Google Search : 정보 없음. 2003년도 Mailing list 에서는 지원하지 않는다고 나타남.
- Biopython Tutorial and Cookbook : Gene Ontology 정보 없음.
BioPython contribution 을 위해서는
Support for Databases: Identify a biological database that does not currently have support in Biopython and add support for it. Use Bio.GenBank as a model.
BioPython에 [GO]관련 모듈이 구현되어 있는가, CVS 점검 : CVS 자료를 받은 뒤에
find ./ | grep -i go find ./ | grep -i ontology
로 검색. -> 자료 없음.
Code Convention
Classes should be in AllFirstLetterUppercase style.
- Functions should be in lowercase_separated_by_underscores style.
- Variables are either in lowercase_separated_by_underscores or lowercasemungedtogether style, depending on your preferences and the length of the variable.
- _single_leading_underscores to indicate internal functions or classes that shouldn't be called directly be a user.
- Tabs are bad. Most people in the Python community now dislike tabs and instead prefer using 4 spaces for indentation. Most editors can help you take care of this (Emacs python-mode uses the 4 space rule, for instance). Tools/scripts/reindent.py in the Python distribution will help get rid of tabs in files.
현장에서
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BioHackers [Members] |
프로젝트명 : PyGo
codefest기간중 구현해야할 스펙
- [GO] 모델을 구현한다.
- 위 모델을 따르는 Web dispatcher를 구현한다.
- 위 모델을 따르는 [MySQL] interface를 구현한다.
- 특정 term 의 조상 및 자식 term들로 이루어진 subgraph의 diagram을 그린다.
이후, 구현해야할 부분
- [Trac] 프로젝트 등록, [GPL] 라이센스 선언
- diagram을 그리는 부분을 [CGI]로 구현한다.
웹서비스 및 관련내용의 정리 --> 페이퍼화
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[Aha00a]님과 함께. 이날 많은 도움을 주셨습니다. 앞으로도 자주 오신답니다. |
이날의 사진들
후기
후기링크들
yong27
아주 좋은 경험이였던, 소중한 자리였습니다. 준비하신 모든 분들, 그리고, 모든 참여자분들께 감사를 드립니다. 주로 혼자만 개발하게되는 일이 많았는데, 역시나 개발은 여러명이서 같이 해야한다는 사실을 절실히 느낍니다. codefest는 일종의 개발자들을 위한 축제인데, 참석하신 분들이 그리 많지 않음에 (아무래도 추운 겨울이라 그랬나...) 아쉬운점이 있긴 했지만, 그래도 즐거운 순간순간들이였습니다. 특히나, 고교때 합창해본 뒤, 10여년만에 합창의 경험. RussianLullaby 잘자라~. 이 행사가 개발자들의 즐거운 축제로 계속 자리매김하길 바랍니다.
KLDP에서 유명하신 cppig1995님을 직접 뵈었는데, 역시 대단합니다. 혹시 생물학에는 관심없느냐고 제가 물었는데, 관심없어요 하고 바로 대답하시더군요. 안타까웠습니다. 머리속에 남들 이해못하는 뭔가를 알고 있으면서, 주변에 슬쩍슬쩍 소개하려는 듯한 느낌을 받았죠. 어쩌면 우리랑은 좀 다른 차원의 정신세계에서 살고 있는지도 모르겠습니다.
새벽 4시경 자야겠다고 했더니, 투덜대던 [neosphere]군. 이런데 왔으면 밤 새야죠~ 그러나, 정말 피곤했슴.
개발환경측면에서, ScreenMultiplexor을 이용한 화면공유는 꽤 괜찮은 환경이였습니다. 팀에서의 개발에서 꼭 필요한 환경인듯 합니다. 나중에는 지금 쓰는 터미널이 내컴퓨터인지 아닌지 헤깔리는 지경까지...
목표스펙가운데 하나였던 sub-[Graph]의 다이어그램을 그리기 위해 GraphViz를 처음 써봤는데, 놀랐습니다. 복잡했던 네트워크들을 꽤 괜찮게 그려주더군요. 앞으로 요긴하게 쓸 일이 많을듯합니다. [HTML] imagemap 정보또한 돌려주던데, 이 기능을 이용해서 [CGI]프로그램을 만들어 서비스하기로 했습니다. 프로젝트이름은 PyGo. 물론 라이센스는 [GNU] [GPL] 이고요, 제대로 된 오픈소스프로젝트로 발전했으면 합니다.
같이했던 [Aha00a]님. [Perl]을 특히 잘쓰신다고. 이날 많은 도움을 주셨습니다. [Python]은 처음이라고 하셨지만, 실력이 있으셔서인지 금방 사용방법들을 익히시더라고요. [Python]에 대한 놀라움도... 아니, 이게 이렇게 간결하게 쓰여지다니!
향후, BioHackers모임을 적어도 월1회 정도 갖고자 합니다. 개발에 대한 노하우들을 공유하고, 실험해보고, 우리의 OpenSource 프로젝트들도 진행하고요... 앞으로, 기대가 됩니다. 국내뿐아니라, 세계적으로도 인정받는 SmallStudyGroupAndSeminar이 될 수 있을것이란 확신이 들었습니다. 잘 해봅시다.
-- yong27 2005-12-12 09:28:37
Aha00a
여지껏 부산에 있어서 와보고 싶어도 한번도 오지 못한 곳이었는데 드디어 기회가 닿아서 오게 되었네요
행사가 아침 10시 부터였는데 회사에서 근무하느라 너무 늦게(오후5시) 가는게 아닌가 싶어서 걱정도 많이 했는데, 1박 2일 행사라는 것만 믿고 찾아갔는데 생각보다 너무너무 좋았습니다!
사실 아는 사람도 없고, KLDP에서 활동도 거의 하지 않고, 눈팅만 해서, 걱정을 많이 했는데, 다행히 저녁시간부터 PyGo(BioPython GO)라는 프로젝트에 참여하게 되었습니다. 이때 Python에 대해 거의 처음 알게 되었고, 막연히 괜찮은 언어라는 생각만 갖고 있었는데, 상상보다 훨씬 더 깔끔한 언어라는 것을 알게 되었습니다. 그리고 GraphViz도 마찬가지로 굉장히 좋더군요.
무엇보다도 이렇게 개발자들이 모여서 함께 좋아하는 것에 대하여 작업을 하고, 또 그것이 오픈소스 프로젝트라는 것이 무엇보다도 가장 좋았습니다. 물론 함께 바로 옆에 붙어서 개발을 하면서 배운 것도 많았구요. 하지만, 좀 아쉬운 것은 다른 프로젝트를 하시던 분들과는 그리 많은 이야기를 하지 못했다는 것인데요, 그래도 얼굴은 어느 정도 익혔으니, 다음에 뵐때는 좀 더 다가갈 수 있을것 같네요 : ). 그러고 보니 순선님 옆에서 밥도 먹어보고 T_T 의미있는 경험이었습니다. -- Aha00a 2005-12-12 20:16:32
DeleteMe 어라! 시스템 Timezone 세팅이 안되어 있는 것 같군요~ 제가 쓴 시간은 20시였답니다. -- Aha00a 2005-12-12 20:19:25
모인모인이 국제화가 잘 되어있다보니, 시각도 확실히 처리합니다. 서버가 UTC로 맞추어져있기 때문인데, UserPreferences에서 시간을 한국시간 (+9) 로 세팅하시면 됩니다. -- yong27 2005-12-13 00:41:34
앗 그렇군요! 잘 보이네요! 좀 더 찾아보고 말씀드리는건데.. 회사에서 주위 눈치보느라 슬쩍~ 잠깐잠깐 해서 잘 몰랐네요
-- Aha00a 2005-12-14 21:27:56