MonthCalendar(BioHackers, 2005, 12)

CodeFest/20051210 에 참가한 이야기

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참가준비

BioHackers에서 했으면 하는 주제를 적어 봅시다. 이들 가운데 하나를 선택하죠.

• [GO] [Graph] visualization and navigation tool
• [GO] term finder 의 [Python] 버전

• BioMultiParser - Multiple file format parsing tool in Biological data (in python) : 여러 형태의 파일에서 필요한 정보만을 parsing해서, Database에 저장하거나 표준형태의 output으로 출력. 복잡한 biological data format에 관한 이해와 그것을 효율적으로 parsing하는 방법, 어떻게 저장하고 출력할 것인가에 관한 의견교환 및 토론.

• BioPython에는 [GO]관련 모듈이 없다. BioPerl의 [GO]관련 모듈을 참고하여 이를 완성하고, BioPython 커뮤니티에 보낸다.

참가준비 쓰레드

이번주 토요일이면 빨리 논의 해야 되지 않나요? 구체적인 이야기를 해야 될것 같은데... -- ["terra19"] DateTime(2005-12-05T08:52:00Z)

주제를 빨리 정해야할텐데... 하루만에 할만한 제대로된 스펙을 구성하기가 쉽지 않네요. 일단 등록신청은 했습니다. 다른분들도 등록신청 하세요. -- ["yong27"] DateTime(2005-12-06T01:50:34Z)

오늘이나 내일 중에 시간을 정해서 1시간정도 IRC channel에서 on-line meeting을 하는 것은 어떤 가요?(원할한 의사소통을 위해 한글로) -- ["terra19"] DateTime(2005-12-06T02:55:32Z)

• 저는 항상 IRC 에 대기하고 있습니다. -- ["neosphere"] DateTime(2005-12-06T04:30:46Z)

  • 일단, 마지막 프로젝트로 등록을 하였습니다. -- ["yong27"] DateTime(2005-12-06T06:07:49Z)

저는 오늘에서야 등록을 했습니다. -- ["cyppi"] DateTime(2005-12-08T07:31:28Z)

code fest 출전 하시나봐요. 다들 잘 하시니 기대할께요. -- [연두]

• 연두씨도 와요! -- ["yong27"] DateTime(2005-12-09T13:27:10Z)

참가자 명단

[terra19], [yong27], [neosphere],[cyppi], [Aha00a]

프로젝트 준비

[GO] 관련 정보

• [http://www.godatabase.org/dev/sql/doc/diagrams.html GO RDB Diagrams]

• BioPerl에서 사용되는 GO관련 module

  • [http://www.godatabase.org/dev/go-perl/doc/go-perl-doc.html go-perl-doc]

  • [http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/go-perl.pod go-perl-module]

BioPython GO 지원 정보 검색

• Google Search : 정보 없음. 2003년도 Mailing list 에서는 지원하지 않는다고 나타남.
• Biopython Tutorial and Cookbook : Gene Ontology 정보 없음.

BioPython contribution 을 위해서는

• Support for Databases: Identify a biological database that does not currently have support in Biopython and add support for it. Use Bio.GenBank as a model.

• [http://www.biopython.org/docs/developer/contrib.html from A Guide to Contributing to Biopython]

BioPython에 [GO]관련 모듈이 구현되어 있는가, CVS 점검 : CVS 자료를 받은 뒤에

find ./ | grep -i go
find ./ | grep -i ontology

로 검색. -> 자료 없음.

Code Convention

• Classes should be in AllFirstLetterUppercase style.

• Functions should be in lowercase_separated_by_underscores style.
• Variables are either in lowercase_separated_by_underscores or lowercasemungedtogether style, depending on your preferences and the length of the variable.
• _single_leading_underscores to indicate internal functions or classes that shouldn't be called directly be a user.
• Tabs are bad. Most people in the Python community now dislike tabs and instead prefer using 4 spaces for indentation. Most editors can help you take care of this (Emacs python-mode uses the 4 space rule, for instance). Tools/scripts/reindent.py in the Python distribution will help get rid of tabs in files.

현장에서

프로젝트명 : PyGo

codefest기간중 구현해야할 스펙

1. [GO] 모델을 구현한다.
2. 위 모델을 따르는 Web dispatcher를 구현한다.

3. 위 모델을 따르는 MySql interface를 구현한다.

4. 특정 term 의 조상 및 자식 term들로 이루어진 subgraph의 diagram을 그린다.

이후, 구현해야할 부분

1. [Trac] 프로젝트 등록, [GPL] 라이센스 선언
2. diagram을 그리는 부분을 [CGI]로 구현한다.

3. 웹서비스 및 관련내용의 정리 --> 페이퍼화

후기

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