BioHackersNetGeneOntologyMap. BioHackers들에 의해 개발됨.
프로젝트 페이지 : http://biohackers.net/gom
주요 기능
- [GO] term 정보의 손쉬운 관리
MySql 혹은 web을 이용한 정보의 획득
- [GO] term navigation을 위한 [CGI] 인터페이스
라이센스 : [GPL]
[Trac]세팅이 끝났습니다. 상단의 링크를 통해 보실 수 있습니다. 완성된/해야할 티켓들도 등록했습니다. 커밋을 위한 아이디/패스워드를 저에게 메일로 보내주세요. -- ["yong27"] DateTime(2005-12-12T15:09:03Z)
메일 보냈습니다. -- ["neosphere"] DateTime(2005-12-13T14:08:03Z)
기본적인 [CGI]부분이 구현되었습니다. 확인해보시고, 수정및 개선해야할 사항들을 알려주세요. -- ["yong27"] DateTime(2005-12-31T07:40:11Z)
프로젝트 명 변경되었습니다. 새로 체크인하시기 바랍니다. -- ["yong27"] DateTime(2006-01-08T00:29:41Z)
계획
1차 Release 를 위해서 모였던 자리에서 나왔던 이야기들 입니다. 한번 다시확인하고 Ticket 으로 올리는 것이 좋을 것 같아서 여기에 올립니다.
그림 X,Y 축 바꾸기
- 그림의 X,Y 축을 바꿔는 것이 전체 그림을이해하는데 좋을 것 같다.
Thumbnail 활용하기
Navigator 에서 일정 깊이 이상의 term이 선택되는 경우 한 화면에 보이지 않아서 전체 구조를 알아보기 힘들다. thumbnail 그림이 먼저 나오고 사용자가 선택시에 큰 그림이 나온다면, 더 좋을 것 같다.
multi term & two term network
사용자가 입력하는 two term 이나 multi term 을 입력받아서 그들 사이의 network 을 그려준다.
Install Script 작성하기
누구나 설치할 수 있도록 Install Script 작성
이건 perky 님 께서 해주신다고 하셨었죠?
DB Install Script
Program 설치와는 별도로 사용하는 DB server 에 대한 설정이나 GO 에서 자료를 받아와서 Local 에 설치해주는 기능을 가진 script 작성
SQL Lite 같은 다른 DB 시스템 도입
사용자의 편의에 따른 DB 시스템을 선택할 수 있도록 하는 것을 고려
그림의 글자크기를 줄이자
그림의글자 크기가 커서 한 화면에 많은 정보를 표현하지 못한다.
GO 를 기반으로 해서 검색할 수 있는 Blast 설치
Blast 를 설치해서 사용자가 웹상에서 자신의 Sequence를 입력해서 검색한후 바로 관련된 페이지를 볼 수 있도록 한다.
GO term의 reference list 가 필요
GO term 에 속하는 각 Gene 의 Accession 정보를 모아둔 page 가 필요.
GO slim 을 이용해 보면?
GO Database의 단점은 너무 방대한 List 가 존재한다는 것이다. GO Slim 을 이용해서 이런 단점을 극복해 볼 수 있을 것이다.
Network navigator 에서 comment 로 list 보여주기
Navigator 의 그림에 마우스를 올리면 Comment 로 List 를 보여줄 수 있으면 좋을 듯. 단, 너무 많은 List 가 존재하면 이해하기 어려우므로 Reference DB 의 우선순위를 두워서 상위 몇 개만을보여주면 좋을 것 같다.