aka [GO]. [Gene] [Ontology] consortium. They produce a dynamic controlled vocabulary that can be applied to all organisms even as knowledge of [Gene] and [Protein] roles in cells is accumulating and changing. One of the [OBO]

http://www.geneontology.org/ http://www.godatabase.org/dev/

그 시작은 각기다른 그룹의 모델생명체 [Genome]연구그룹들(FlyBase, [SGD], [MGD])의 공동연구에 기인한다.

It is classified into three groups.

• MolecularFunction

• BiologicalProcess

• CellularComponent

Types of relationship

• is-a
• part-of
• develops-from

이 세가지그룹은 통합된 의미를 지닌다. 어떤 [Gene] product는 하나이상의 MolecularFunction을 가지며(have), 하나이상의 BiologicalProcess에 사용되며(used in), 하나이상의 CellularComponent와 연관되어(associated with)있다.

For example,the gene product cytochrome c can be described by the MolecularFunction term electron transporter activity, the BiologicalProcess terms oxidative phosphorylation and induction of cell death, and the CellularComponent terms mitochondrial matrix and mitochondrial inner membrane.

[GO]는 [DAG]로 구조화된다. 단순한 hierarchies와의 차이점은 하나의 자식노드가 여러 부모노드를 가질 수 있다는 점이다. 마치 MultipleInheritance처럼.

[GO]는 오로지 [Gene] product에만 초점을 맞춘다. 어떤 조직에서, 어떤 발생시기에 어떤 질병과 연관되어있는지등은 설명하지 않는다. 각각 목적에 맞는 ontology가 따로 개발되고 있다. See [OBO]

[GO] [Database]

• QuickGo

• AmiGo

Concerned paper

• Saccaromyces [Genome] Database construction using [GO] (->) [http://bioinfo.sarang.net/data/doc/dbinfo/sgd_go.pdf SGD_GO]

관련 프로그램

• [pygo.py]

GenBank id로부터 [GO] id를 [Entrez]를 통해 가져오기 : [GoFromGiEntrez.py] ([cyppi]씨 작성)

0003673 in [GO]

CategoryDatabase