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NucleicAcid인 [DNA]는 DoubleHelix이다. 이 두 가닥은 반대방향으로 상보적이다. 이를 영어로 ReverseComplement라고 한다. 따라서, 한쪽 가닥을 알면 다른 한쪽 가닥을 알 수 있다. 인간의 총 염기서열갯수를 30억개(HDD에 [ASCII]로 저장하면 3기가) 라고 할때, 이는 한쪽 가닥만을 말하는 것이고, 그 반대가닥은 물론 알수가 있다. NucleicAcid인 [[DNA]]는 DoubleHelix이다. 이 두 가닥은 반대방향으로 상보적이다. 이를 영어로 ReverseComplement라고 한다. 따라서, 한쪽 가닥을 알면 다른 한쪽 가닥을 알 수 있다. 인간의 총 염기서열갯수를 30억개(HDD에 [[ASCII]]로 저장하면 3기가) 라고 할때, 이는 한쪽 가닥만을 말하는 것이고, 그 반대가닥은 물론 알수가 있다.
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[yong27]이 [Python]으로 처음 프로그래밍하본것이 이 ReverseComplement... 그러다보니, 감회가 새롭다. 모든 생물정보학 초보자들에게 이 문제를 권한다. 이걸 시작으로 많은 일들을 할 수가 있다. [[yong27]]이 [[Python]]으로 처음 프로그래밍하본것이 이 ReverseComplement... 그러다보니, 감회가 새롭다. 모든 생물정보학 초보자들에게 이 문제를 권한다. 이걸 시작으로 많은 일들을 할 수가 있다.
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문제는, FastaFormat으로 저장되어 있는 파일을 읽어서, ReverseComplement로 변환된 새 파일을 만드는 프로그램을 만드는것. 이 문제에 대한 해답으로, [yong27]은 세가지 각기 다른 파일을 만들어봤다. 초보자라면, 이거 보지말고 직접 풀길 권한다. 다덜 알다시피, FastaFormat은 1개이상의 서열들이 들어있다. 문제는, FastaFormat으로 저장되어 있는 파일을 읽어서, ReverseComplement로 변환된 새 파일을 만드는 프로그램을 만드는것. 이 문제에 대한 해답으로, [[yong27]]은 세가지 각기 다른 파일을 만들어봤다. 초보자라면, 이거 보지말고 직접 풀길 권한다. 다덜 알다시피, FastaFormat은 1개이상의 서열들이 들어있다.
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 * [ReverseComplementOneRead.py] : 전체를 한번에 읽어들이는 코드
 * [ReverseComplementIterator.py] : [OOP]로 한 레코드씩 읽으면서 하는 코드
 * [ReverseComplementGenerator.py] : [Generator]이용
 * [ReverseComplementBioPython.py] : BioPython을 이용한 코드
 * [ReverseComplement.io] : [Io]로 작성		  * [[ReverseComplementOneRead.py]] : 전체를 한번에 읽어들이는 코드
 * [[ReverseComplementIterator.py]] : [[OOP]]로 한 레코드씩 읽으면서 하는 코드
 * [[ReverseComplementGenerator.py]] : [[Generator]]이용
 * [[ReverseComplementBioPython.py]] : BioPython을 이용한 코드
 * [[ReverseComplement.io]] : [[Io]]로 작성

NucleicAcid인 DNA는 DoubleHelix이다. 이 두 가닥은 반대방향으로 상보적이다. 이를 영어로 ReverseComplement라고 한다. 따라서, 한쪽 가닥을 알면 다른 한쪽 가닥을 알 수 있다. 인간의 총 염기서열갯수를 30억개(HDD에 ASCII로 저장하면 3기가) 라고 할때, 이는 한쪽 가닥만을 말하는 것이고, 그 반대가닥은 물론 알수가 있다.

yong27이 Python으로 처음 프로그래밍하본것이 이 ReverseComplement... 그러다보니, 감회가 새롭다. 모든 생물정보학 초보자들에게 이 문제를 권한다. 이걸 시작으로 많은 일들을 할 수가 있다.

문제는, FastaFormat으로 저장되어 있는 파일을 읽어서, ReverseComplement로 변환된 새 파일을 만드는 프로그램을 만드는것. 이 문제에 대한 해답으로, yong27은 세가지 각기 다른 파일을 만들어봤다. 초보자라면, 이거 보지말고 직접 풀길 권한다. 다덜 알다시피, FastaFormat은 1개이상의 서열들이 들어있다.

SeeAlso PhredScoreParsing, wiki/FastaConvertor

ReverseComplement (last edited 2012-12-26 16:45:09 by 182)

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