2006-02-14

error 메시지를 자세히 보면서 풀면 잘 해낼 수 있다...

• 문제점 해결) 일단 RNA의 class를 만든다. 그 다음 title과 sequence를 print로 찍어보면, 다음에 무엇을 해야할 지 알 수 있을 것이다.

RNA 서열 fasta 포맷 형식으로 출력하기...

• 문제점 해결) RNA class에 DNA class에서 사용했던 parseFasta()를 사용

상속

• DNA나 RNA는 서로 비슷하고 하는 일도 비슷한 것이 있다...이 때, 하는 일이 비슷한 함수를 부모 class에 묶어서 두는 것을 상속이라 한다.

새로운 문제

• reversetranscription 하는 test code

   1 class RNA(NucleicAcid):
   2     def getcDNA(self):
   3         dna = DNA()
   4         dna.title = 'cDNA of ' + self.title
   5         dna.sequence = self.sequence.replace('U', 'T')
   6         return dna

• tip) 함수를 만들었을 때, 중간중간 테스트 하다보면 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'title' 이라는 에러코드가 뜬다. 이게 뜨는 이유는 함수에 return 값이 없기 때문이다...

2006-02-13

-1을 제외한 가장 작은 수를 구하는 함수를 만들어서 start codon을 구해서 code 작성.

• 문제점 발견 : stop codon을 for문을 이용해서 하나씩 seq에 대입해서 code를 작성했더니, stop codon에서 멈추지 않고 끝까지 translation했다.
• 이유 : 아마도 for문을 벗어나도 result문이 있기 때문인 것 같다.
• 문제점 해결 : 일단 start codon code는 그대로 가고, start codon 이후의 seq에서 stop codon의 -1을 제외한 가장 작은 수를 구해서 stop codon이 있으면 stop codon을 3으로 나눈 수에 1을 더한 만큼 for문을 돌려서 translation했다.
• tip) -1을 제외한 가장 작은 수 구하는 함수를 만들어 놓고, 다른 함수에서 쓰려고 한다. 이 때, 이 함수 역시 DNA()라는 class안에 있기 때문에 self.mymin()이라고 쓰면 된다.

새로운 문제

   1 def testGetRna(self):
   2     rna = self.dna.getRna()
   3     self.assertEquals('RNA of test', rna.title)
   4     self.assertEquals('AGUC', rna.sequence)

이 테스트 code를 통과하는 함수를 만들어라...

2006-02-10

계속해서 translation code 작성 중... - start codon이 여러개일때 가장 먼저 나오는 start codon을 찾아야 한다.

• tip) 논리 연산을 이용해 차례대로 하나씩 비교해서 작은 수를 변수에 저장한다. 그런데, -1이 나오면 제외시켜야 한다.
• 문제점 발견) [0]부분에 -1이 있으면 return 값이 -1이 나온다.
• 문제점 해결) 배열을 sorted(배열, reverse=1)로 정렬한 다음 진행한다.

2006-02-08

translation code 작성

• genetic code는 17개 정도로 종마다 다르다.
• 이걸 함수 하나에 작성해야 한다.

• tip) class를 써서 종마다 다른 부분(ProComp, icodon, tcodon)을 작성. 함수에는 translation하는 code를 작성하는데, 다른 부분은 class에서 따온다.

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