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| ---- == 2006-05-25 == '''vectorNTI 교육요청 신청서 에러''' * 에러 : 메일이 왔는데 제목이 보이지 않고, 한글이 다 깨져서 나온다... * 해결 : vertorNTI_edu_result.php 에서 charset 부분을 charset=utf-8 에서 charset=UTF-8 로 수정 * 내 아웃룩에서는 이렇게 하니까 됐는데, 팀장님 메일에서는 여전히 제목이 나오지 않는다...잘 모르겠네... |
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| (!) '''이달의 관련 용어''' * Vector의 종류에는 plasmid, bacteriophage, cosmid, phagemid 등이 있는데 그중 가장 널리 쓰이는 것이 plasmid이다. * replicon : DNA나 RNA의 복제 단위 * cosmid : 바이러스를 이용한 플라스미드의 일종 * oligomer : 소중합체라고도 한다. 분자량이 대략 1,000 이하의 것을 말함 |
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| == 2006-05-18 == == VectorNTI 실습 == '''install''' * 프로그램을 인스톨한다...인스톨이 끝나면 프로그램을 열고 help -> license -> applications 가서 사용자 정보를 입력한다... * (!) phone은 국제번호를 적는다...예)08-2-2149-0041 * 사용자 정보를 그대로 옮겨서 회사 위키에 적는다... -> VectorNTI/UserList '''실행 및 데이타베이스 관련''' * 처음 실행하게 되면 데이타베이스를 만들건지 묻는다 -> 만들어도 되고 안만들어도 되는데 만들면 웹으로부터 모든 정보를 받는다... * subset(subbase)에서 오른쪽 마우스 클릭 * Dismiss : subset을 지운다... -> main에 데이타는 그대로 있다... * Clear : subset은 그대로 있고, 안에 데이타만 지운다... -> 다른 DB와 별개 * Delete content : clear와 동일한 기능을 갖는다... -> 단, 다른 DB의 같은 데이타는 삭제된다... * Database * Search * Attribute filter : Storage type, Nucleic acid, replicon type, Form, Extra-chromosome replication, size에 따라 검색 * Text filter : 데이타베이스 필드를 고를수 있고, 찾고 싶은 텍스트를 입력해서 검색 * Keyword filter : 내장된 키워드를 골라서 검색 * Ancestor filter : 기존에 가지고 있는 데이타를 키워드로 검색 * Oligo&Peptide filter : 특정 oligo나 peptide를 가지고 검색 * Feature filter : molecule들이 갖는 특징을 가지고 검색 * Database backup : 말 그대로 데이타베이스를 백업한다... * Database restore : 프로그램을 다른 컴퓨터에 옮겨 설치할 경우, 데이타를 새 프로그램으로 넣어준다... * Database cleanup : |
== 2006-05-24 == '''굿모닝 팝스 다운로드''' * HTTP에서는 와일드카드를 쓰지 못하기 때문에 스크립트를 만들어서 다운로드했다... * gmp.py : 파일 이름이 날짜만 바뀌기 때문에 날짜 부분만 코딩... * python gmp.py > url_gmp * 전체 url을 받아서 저장 * wget -i url_gmp * url_gmp에 저장된 url을 하나씩 읽어서 다운로드한다... |
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| === GeneSpring_GX 입문... === * genome 서열 만들기 * 우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일 * .gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다. * 프로그램에 깔기 * import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다. * annotation type -> systemetic name -> next -> yes * duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok * import genome sequence (나중에 설정) -> next * web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next * save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save * new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다 * gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close * make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok * build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok * genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯... * kegg pathways : 이것 역시 다운... * homology tables : * resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음... * import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next -> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save * new experiment checklist * normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok * parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.) * experiment interpretation * error model * filter on expression level : 흥미로운 유전자를 발견하는 과정 * |
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매주 금요일 3시까지 주간업무현황 위키에 작성 -> 컨설팅팀/주간업무현황
2006-05-25
vectorNTI 교육요청 신청서 에러
- 에러 : 메일이 왔는데 제목이 보이지 않고, 한글이 다 깨져서 나온다...
- 해결 : vertorNTI_edu_result.php 에서 charset 부분을 charset=utf-8 에서 charset=UTF-8 로 수정
- 내 아웃룩에서는 이렇게 하니까 됐는데, 팀장님 메일에서는 여전히 제목이 나오지 않는다...잘 모르겠네...
2006-05-24
굿모닝 팝스 다운로드
- HTTP에서는 와일드카드를 쓰지 못하기 때문에 스크립트를 만들어서 다운로드했다...
- gmp.py : 파일 이름이 날짜만 바뀌기 때문에 날짜 부분만 코딩...
python gmp.py > url_gmp
- 전체 url을 받아서 저장
- wget -i url_gmp
- url_gmp에 저장된 url을 하나씩 읽어서 다운로드한다...
2006-05-12
Visually inspect the data : The simplest way to evaluate data is by visual inspection.
GenMAPP : GeneSpring GX에서 GenMAPP pathway를 다운로드 하기 위해서 GenMAPP 싸이트 가서 회원가입까지 했는데 installer가 다운로드 안되네...
2006-05-10
2006-05-09
오늘 드디어 펀드에 가입했다... 우리은행에 브릭스 (펀드)라는 상품하고 미래에셋 (보험)에 친디아라는 상품... 브릭스는 매달 10만원씩이고, 친디아는 매달 20만원씩... 브릭스는 주식비율이 60%이고, 친디아는 주식비율이 90%이다... 둘다 추가납입이 가능... 최대한 아껴서 생활하고 나머지는 추가납입해야지... 참...중요한 사항...매달 10일에 돈이 빠져나간다...또한 푸르덴셜 종신보험도 10일날 빠져나간다...
2006-05-08
2006-05-13 낙지 결혼식 전 모임
- 장소 : 사당역 7시
2006-05-01
마이크로어레이 자료 통계분석 특강
- 일시 : 2006/05/12 ~ 2006/05/12
- 장소 : 방송통신대학교 (4호선 혜화역) 별관 세미나실
URL : http://bric.postech.ac.kr/uw2/dispatcher/demo/event/detail_new.html?id=3239
- attachment:방송통신대학_06-05-12.doc
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