2005-10-20

이거원 한번도 첫번에 잘 되는 게 하나도 없네. BASE plug-in에 있는 normalization LOWESS방법으로 분석을 시도했으나 실행이 안됨. 당연히 오늘 해결해야 겠지?

2005-10-19

드디어 BASE에 upload시킨 pancreatic cell microarray data를 가지고 분석어 들어감. 각 step에서 나오는 여러 option들에 관해서 정리해 둘것. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-19T04:56:07Z)

2005-10-17

지난주에는 BASE에 data를 upload시키다가 raw data file format이 달라서, BASE를 지우고 다른 것을 깔아야 하나? 하는 중대 기로에 있었으나, BASE내에 data를 merge시키는 script를 찾아서 간단히 해결 됨. 이번주 부터는 실제로 data를 넣고 세세한 내용들을 적고, 분석을 해보려 한다. 앗싸~~ -- ["terra19"] DateTime(2005-10-17T02:27:32Z)

2005-10-13

BASE에 pancreatic cancer cell line data를 넣으려고 하는 중 문제 발생. 이 result file이 ImaGene software를 이용해서 intensity file이 나온 것인데, Genepix의 결과와는 달리 1 channel씩 결과가 따로 나온다. 그래서, data upload시에 Limma package로 분석할 때도 무지 고생했었는데, 여기서도 문제가 일어나는 군. 이참에 아예 convert시키는 프로그램을 짜봐? -- ["terra19"] DateTime(2005-10-13T09:27:28Z)

대략 내일 할 것

1. Limma package시에 어떻게 문제를 해결했나 확인.
2. BASE mailing list에서 올라온 질의내용 분석.

2005-10-11

BASE에 chip information 자료라 할 수 있는 repoter file upload성공 !!!

• : 역시 새로운 뭔가를 하는 것은 삽질과 끈기가 필요한 것 같다. OTL 모드로 빠지지 않아서 다행이었음. 그러나, 더욱더 많은 이해와 노력을 필요로 함.

  • 근데 오늘 wiki server에 무슨 문제가 있었나요? 도중에 접속이 안되는 일이 있어서요. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-11T09:00:36Z)

    • 별 문제 없었는데요? 워쩐일이였을가요... -- ["yong27"] DateTime(2005-10-11T09:25:22Z)

2005-10-10

이번주에 할일 : BASE에 microarray data upload시키고, 그 절차에 대하여 정리하기.

[http://www.qts.co.kr/tt/index.php?pl=1178 구글매니아 완전가이드] -- 퀵타임라이브공작단 V2

• : 역시 돈이 몰리면, 초창기의 이념이나 생각들이 모두 경제적인 논리로 돌아가고 사람들도 경제적인 관점에만 집착하게 될것이다. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-10T06:35:05Z)

2005-10-07

[http://channy.creation.net/blog/ Channy's Blog]

• : 다음에 계시는 차니님께서 Web2con에 참관하시면서 매일 매일 그 내용들을 올려주고 있다. 시간이 날때마다 읽어볼 예정 -- ["terra19"] DateTime(2005-10-07T01:22:23Z)

2005-10-06

우연하게 [http://medialab.icu.ac.kr/blog/index.php ICU Digital Media Lab Blog]를 발견. 전혀 다른 방식으로 내가 연구하는 일들과 연관이 있을 것이란 느낌이 팍 들었다. 물론, 재미있기도 하고... ;; -- ["terra19"] DateTime(2005-10-06T04:40:10Z)

• 내용도 좋았지만, 특정인이 아닌 기관, 조직의 [Blog]가 참신하다는 느낌입니다. 조직도 하나의 인격체라 볼 수 있으니까요. 해당 조직의 공식적 혹은 비공식적인 저널이 되겠네요. -- ["yong27"] DateTime(2005-10-06T08:46:36Z)

2005-10-04

[http://twlog.net/web_2.0_guide.html web2.0에 관한 글]

2005-10-01

시월을 맞이하여 새로운 기사내용 두가지

[http://www.biologynews.net/archives/2005/09/29/novel_mechanism_for_dna_replication_discovered.html Novel mechanism for DNA replication discovered]

{{|Aneel Aggarwal, PhD, and Deepak Nair, PhD, of the Department of Physiology and Biophysics at Mount Sinai School of Medicine and their colleagues at University of Texas Medical Branch, Galveston discovered that a protein called Rev1 DNA polymerase itself codes for a cytosine to be placed on the replicating strand. The cytosine is inserted based upon the coding information in Rev1 regardless of whether a guanine or another base is present on the DNA.|}}

• : 일반적으로 DNA replication은 DNA template와 상보적인 sequence를 생성하는 방식인데, protein도 특정한 상황에서 DNA template로 작용한다는 이야기 같음.(읽어보고 아니면 수정해 주세요.) -- ["terra19"] DateTime(2005-10-01T02:45:00Z)

  • DNA polymerase 자체가 특정 위치에서 template와 상관없이 cytosine을 코드하나봅니다. 특정 발암물질들에 노출되었을 때, 가장 많은 피해를 보는것이 G이고, 그때문에 정상적인 C 코딩을 못하는 위치에 polymerase가 직접 C를 코드하는 듯 합니다. -- ["yong27"] DateTime(2005-10-02T03:18:18Z)

[http://www.biologynews.net/archives/2005/09/29/fruit_fly_studies_open_new_window_on_cancer_research.html Fruit fly studies open new window on cancer research]

{{|The researchers at the University of Oxford, funded in part by the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), discovered that this family of amino acid transporters are very powerful growth promoters. When the transporters were overexpressed in a fly, its cells became hypersensitive to insulin-like molecules in the body that have a long-term role in promoting cell growth and development and the cells grew excessively.|}}

• : transporter에 이상이 생기면 초파리의 성장이 감소해서, 만약, human의 경우에도 이러한 mechanism이 있다면, cancer나 diabetes와 같은 질병의 연구에 도움이 될것이다라고 말함. 그러고 보니, microarray data를 분석했을 때 animo acid transporter GO term이 의미있는 것으로 나왔었던것 같다. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-01T02:45:00Z)

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