2005-10-31

10월의 마지막날이군. 그러나, 나에게는 새로운 시작이 될것 같다.

2005-10-28

raw MicroArray data를 가지고 [BASE]에서 안내서에 나온 방법대로 분석을 하는 중. [BASE]를 전체적으로 이해하는 것에 한달정도 걸린것 같다. 휴~~

[http://www.biologynews.net/archives/2005/10/27/dna_size_a_crucial_factor_in_genetic_mutations_study_finds.html DNA size a crucial factor in genetic mutations, study finds] -- Biology New Net

: DNA polymerase에 의해 DNA replication이 일어날 때, DNA base의 크기가 클수록 더 정확하더라는 내용.

{{| When the researchers offered the analog bases to DNA polymerase I, the enzyme not only recognized the synthetic molecules as it would natural DNA but also copied one of the slightly larger analogs at a rate 22 times more efficiently than the natural-sized analog. In fact, DNA polymerase I incorporated the slightly larger analog almost as efficiently as it did natural thymine, both in the test tube and in live E. coli bacteria. In contrast to this, the smallest and largest analogs in the set were rejected by the enzyme and the bacteria. |}}

: 솔직히 이러한 내용은 어쩌면 단순한 지적인 호기심거리일수 있으나, 기초적인 연구를 통해서 근본적인 변화가 일어날 지도 모른다는 생각이 문뜩 들었음.

2005-10-27

[BASE]에 DNA chip에 관한 information을 넣고, 그것과 result data를 match시키는 일을 실행해 보는 중.

[http://www.biologynews.net/archives/2005/10/26/study_provides_insight_into_cellular_defenses_against_genetic_mutation.html Study provides insight into cellular defenses against genetic mutation] -- Biology News Net

: DNA에 mutation이 발생하여 비정상적인 mRNA가 만들어 졌을 때, 이것을 control하는 protein과 점검방식에 관한 내용.

{{| What Maquat and colleagues are learning is that much of the regulatory action of NMD depends on the physical spacing of molecules in the RNA chain. If a stop reading signal occurs too far ahead of the final exon in the chain, as marked by an exon-exon junction complex (EJC), the cell concludes that the stop codon has mistakenly fallen in the middle of a set of instructions. Specifically, Medical Center researchers now believe a stop codon is labeled premature when it occurs more than 55 nucleotides upstream (toward the 5-prime end) of an exon-exon junction. |}} {{| If these spatial requirements are met, CBP80 interacts with human up-frameshift proteins, factors that come together at exon-exon junction complexes to drive NMD review. The three up-frameshift proteins work together to trigger decay once an early nonsense codon is detected, most likely by recruiting enzymes that remove the tail and cap from suspect mRNAs and digest their chains. If nonsense codons are not detected, CBP80 and its partner CBP20 are replaced by another cap-binding protein that renders mRNA immune to further notice by NMD. |}}

: 내용이 길기는 하지만 CellBiology의 핵심적인 내용이 잘 설명되어 있다. 기억이 가물가물 한것도 많이 있었음. 시간이 날때 정리해 둬야지.

2005-10-26

[http://www.imaso.co.kr/?doc=bbs/gnuboard.php&bo_table=article&wr_id=6356 개발자, 구글 신드롬에 빠지다] -- 마소

: 그동안 알고 있었던 google에 관한 내용이 잘 정리되어 있는 것 같다. 자신들의 신념을 일과 결부시켜서 기업문화로 만들었다는 것이 제일 부러운 점이다.

2005-10-25

[http://www.biologynews.net/archives/2005/10/24/cornell_finds_natural_selection_in_humans.html Cornell finds natural selection in humans] -- Biology News Net

: 코넬대에서 39명의 사람과 99% 유전자가 같은 침팬지에서 11,624개의 [Gene]을 분석해 본 결과, 대략 9%의 [Gene]들이 침팬지에 비해서 진화적으로 빠른 변화를 보인것이 확인 되었고, 이러한 차이가 positive natural selection으로 작용되었을 거라 생각하고 있음. 그 [Gene]들은 {{| The Cornell/Celera team found that genes involved in immune function, sperm and egg production, sensory perception and transcription factors (proteins that control which genes are turned on or off) have been particularly affected by positive selection and show rapid evolution in the last 5 million years, when humans shared a common ancestor with chimps. |}}

내가 생각했던 것처럼 무엇인가 맞아 떨어지는 내용같다. (무슨 소리야?)

2005-10-21

어제 실행되지 않던 plug-in이 해결되었다. 근데, 대충 생각하고 고쳤더니 된것이라 제대로 맥을 짚은 것인지는 모름. 전반적으로 대부분의 내용들은 보았으니 실제적으로 data를 넣고 내용을 분석하고, 그 결과를 출력하는 흐름상에 요구되는 것들을 정리하려고 함.

[http://www.biologynews.net/archives/2005/10/20/restoring_silenced_suppressor_gene_kills_lungcancer_cells.html Restoring silenced suppressor gene kills lung-cancer cells] -- Biology News Net

: 대부분의 LungCancer의 환자에서는 [WWOX]라는 TumorSuppressorGene이 DnaMethylation되어서 그 기능이 sliencing되어 있는데, InVitro상의 실험으로 lung cancer cell에서 [Virus] system을 이용하여 그 [Gene]의 기능을 회복시켰더니, cancer cell이 죽었고, lung cancer cell과 normal WWOX gene을 incorporation시킨 cell을 각각 mice에 injection시켰더니, 상대적으로 WWOX gene의 기능이 회복된 lung cancer cell을 injection시킨 mice의 60~80%에서 tumor가 생기지 않았다는 내용. 기억에 남는 맨트는 {{|"We don't believe that using WWOX as a therapy will necessarily eradicate tumors, Fabbri says, "but we do believe that this kind of gene therapy might be useful when used in combination with chemotherapy and other therapies."|}}

보통 이정도 결과이면 "이것으로 lung cancer환자는 치료될 수 있다."정도로 말할 줄 알았는데, 그 동안 gene therapy가 실패한 적이 많아서 그랬는지 겸손한 어조로 말하고 있다. 맘에 든다.

2005-10-20

이거원 한번도 첫번에 잘 되는 게 하나도 없네. BASE plug-in에 있는 normalization ["Lowess"]방법으로 분석을 시도했으나 실행이 안됨. 당연히 오늘 해결해야 겠지?

2005-10-19

드디어 BASE에 upload시킨 pancreatic cell microarray data를 가지고 분석어 들어감. 각 step에서 나오는 여러 option들에 관해서 정리해 둘것. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-19T04:56:07Z)

2005-10-17

지난주에는 BASE에 data를 upload시키다가 raw data file format이 달라서, BASE를 지우고 다른 것을 깔아야 하나? 하는 중대 기로에 있었으나, BASE내에 data를 merge시키는 script를 찾아서 간단히 해결 됨. 이번주 부터는 실제로 data를 넣고 세세한 내용들을 적고, 분석을 해보려 한다. 앗싸~~ -- ["terra19"] DateTime(2005-10-17T02:27:32Z)

2005-10-13

BASE에 pancreatic cancer cell line data를 넣으려고 하는 중 문제 발생. 이 result file이 ImaGene software를 이용해서 intensity file이 나온 것인데, Genepix의 결과와는 달리 1 channel씩 결과가 따로 나온다. 그래서, data upload시에 Limma package로 분석할 때도 무지 고생했었는데, 여기서도 문제가 일어나는 군. 이참에 아예 convert시키는 프로그램을 짜봐? -- ["terra19"] DateTime(2005-10-13T09:27:28Z)

대략 내일 할 것

1. Limma package시에 어떻게 문제를 해결했나 확인.
2. BASE mailing list에서 올라온 질의내용 분석.

2005-10-11

BASE에 chip information 자료라 할 수 있는 repoter file upload성공 !!!

• : 역시 새로운 뭔가를 하는 것은 삽질과 끈기가 필요한 것 같다. OTL 모드로 빠지지 않아서 다행이었음. 그러나, 더욱더 많은 이해와 노력을 필요로 함.

  • 근데 오늘 wiki server에 무슨 문제가 있었나요? 도중에 접속이 안되는 일이 있어서요. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-11T09:00:36Z)

    • 별 문제 없었는데요? 워쩐일이였을가요... -- ["yong27"] DateTime(2005-10-11T09:25:22Z)

2005-10-10

이번주에 할일 : BASE에 microarray data upload시키고, 그 절차에 대하여 정리하기.

[http://www.qts.co.kr/tt/index.php?pl=1178 구글매니아 완전가이드] -- 퀵타임라이브공작단 V2

• : 역시 돈이 몰리면, 초창기의 이념이나 생각들이 모두 경제적인 논리로 돌아가고 사람들도 경제적인 관점에만 집착하게 될것이다. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-10T06:35:05Z)

2005-10-07

[http://channy.creation.net/blog/ Channy's Blog]

• : 다음에 계시는 차니님께서 Web2con에 참관하시면서 매일 매일 그 내용들을 올려주고 있다. 시간이 날때마다 읽어볼 예정 -- ["terra19"] DateTime(2005-10-07T01:22:23Z)

2005-10-06

우연하게 [http://medialab.icu.ac.kr/blog/index.php ICU Digital Media Lab Blog]를 발견. 전혀 다른 방식으로 내가 연구하는 일들과 연관이 있을 것이란 느낌이 팍 들었다. 물론, 재미있기도 하고... ;; -- ["terra19"] DateTime(2005-10-06T04:40:10Z)

• 내용도 좋았지만, 특정인이 아닌 기관, 조직의 [Blog]가 참신하다는 느낌입니다. 조직도 하나의 인격체라 볼 수 있으니까요. 해당 조직의 공식적 혹은 비공식적인 저널이 되겠네요. -- ["yong27"] DateTime(2005-10-06T08:46:36Z)

2005-10-04

[http://twlog.net/web_2.0_guide.html web2.0에 관한 글]

2005-10-01

시월을 맞이하여 새로운 기사내용 두가지

[http://www.biologynews.net/archives/2005/09/29/novel_mechanism_for_dna_replication_discovered.html Novel mechanism for DNA replication discovered]

{{|Aneel Aggarwal, PhD, and Deepak Nair, PhD, of the Department of Physiology and Biophysics at Mount Sinai School of Medicine and their colleagues at University of Texas Medical Branch, Galveston discovered that a protein called Rev1 DNA polymerase itself codes for a cytosine to be placed on the replicating strand. The cytosine is inserted based upon the coding information in Rev1 regardless of whether a guanine or another base is present on the DNA.|}}

• : 일반적으로 DNA replication은 DNA template와 상보적인 sequence를 생성하는 방식인데, protein도 특정한 상황에서 DNA template로 작용한다는 이야기 같음.(읽어보고 아니면 수정해 주세요.) -- ["terra19"] DateTime(2005-10-01T02:45:00Z)

  • DNA polymerase 자체가 특정 위치에서 template와 상관없이 cytosine을 코드하나봅니다. 특정 발암물질들에 노출되었을 때, 가장 많은 피해를 보는것이 G이고, 그때문에 정상적인 C 코딩을 못하는 위치에 polymerase가 직접 C를 코드하는 듯 합니다. -- ["yong27"] DateTime(2005-10-02T03:18:18Z)

[http://www.biologynews.net/archives/2005/09/29/fruit_fly_studies_open_new_window_on_cancer_research.html Fruit fly studies open new window on cancer research]

{{|The researchers at the University of Oxford, funded in part by the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), discovered that this family of amino acid transporters are very powerful growth promoters. When the transporters were overexpressed in a fly, its cells became hypersensitive to insulin-like molecules in the body that have a long-term role in promoting cell growth and development and the cells grew excessively.|}}

• : transporter에 이상이 생기면 초파리의 성장이 감소해서, 만약, human의 경우에도 이러한 mechanism이 있다면, cancer나 diabetes와 같은 질병의 연구에 도움이 될것이다라고 말함. 그러고 보니, microarray data를 분석했을 때 animo acid transporter GO term이 의미있는 것으로 나왔었던것 같다. -- ["terra19"] DateTime(2005-10-01T02:45:00Z)

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