2005-12-30

[BASE]에 affy chip data를 넣는데 성공. 앗싸!! 그러나, 결국은 무식하게 그냥 집어 넣는 방법을 사용하였다. 실제 affy chip의 probe는 각 probe가 Unit_id를 가지고 그안에 cell이라는 것들이 실제 X, Y위치를 갖고 있는 형태인데, 이 cell의 수가 probe마다 다르다. 가지고 있는 실험실의 data는 Normalized된 data이기 때문에 match를 시키기 힘들다는 사실을 알았고, 각 Probe의 Unit_id를 column으로 나머지 block과 row는 1로 집어 넣고 format을 인식시켰으며, Hybridization panel에서는 Mass data import를 이용하여 data를 넣는 방식으로 인식이 완료됨. 이제는 R plugin dispatcher를 이용하여 분석하고 결과를 [BASE]에 넣는 것에 관하여 실행해 볼 예정.

2005-12-28

[BASE]에 Normalized affymetrix chip data를 넣는 일을 하고 있는데, 잘 안됨. 문제는 data format을 [BASE]에서 인식할 수 있도록 probe를 block, row, column으로 conformation을 설정해 주어야 하는데, affy data는 그 형태가 달라서 인식시키는데 어려움을 겪고 있음. 내가 그냥 만들어야 하나?

2005-12-27

한동안 또 뜸했네...(6일만에) 아마도 이번주(연말땜시)에는 acute alcoholic state 상태로 있을 것 같다. 애정어린(?)심정으로 진행하고 있는 [BASE]는 아직도 지지부진한 상태라고나 할까?

2005-12-21

예상했던데로 대략 2일동안의 삽질끝에 'hello world'를 보았다. 그것도 local에서만....(말 없음) 이제 [BASE]와 연동해서 실행해 보고, 어떻게 분석 plugin을 만들 것인가 생각해 보아야 함.

• Information Visualizing Using Timeless Motion -- ICU Digital Media Lab Blog

  • : 대량의 정보를 시각화하는 방법으로 motion을 이용하는 것에 관한 내용. 대량의 정보라면 Biological Data를 빼 놓을 수 없는데... 음 알아두어야 겠군.

• OpenHelix

  • : 지난번에 [yong27]님의 조언에 의해, 매일 한번씩 에드샌스를 누르고 있는데, 이런 site를 발견. 좋은 사업아이템으로 앞으로 내가 할려고 했는데...(먼산) 그럼 벤치마킹이나 해야 겠다.

2005-12-19

세상이 시끄러워서 나도 많은 생각을 하게 되었다. 결론은 버킹검(?)이 아니라, 내 할일이나 열심히 그리고 차분히 하는 것. 평상심을 유지할 것.

• R plugin dispatcher for BASE를 이용해서 "Hello World" plugin실행하기.

2005-12-15

조금전(정확히 3:45)에 박사과정의 마지막 정규시험을 마쳤읍니다.(결과에 대해서는 묻지 말아 주세요.o_o) 이제는 Terra's season 2가 시작 되겠습니다. season 2기념 대박기사하나

• 귀도가 구글로! -- OpenLook

  • : 이제 [Python]이 대세가 될 날이 멀지 않은 듯. 고로, BioPython도 geek 스럽게 가파른 성장을 할 기회가 되지 않겠습니까? (제 생각입니다.)

2005-12-14

• Dino Hinchcliffe가 뽑은 2005년 최고의 Web 2.0 Software

2005-12-12

오늘부터 기말시험 공부 돌입!!! 당분간 조용하겠네...

2005-12-09

• dog genome sequenced : dog의 학명이 canine이었군. 참고로 family name은 Canidae임.

• Carnegie Mellon U. transforms DNA microarrays with standard Internet communications tool -- Biology News Net

2005-12-06

[BASE]에서 affy data를 연동하는 문제로 고민 중. R plugin dispatcher for BASE란 것이 있다는 것을 알게 되었고, 이것을 이용해서 연동시켜보려 함.

CodeFest6에 등록. BioPythonGO project를 진행하기로 함. BioPerl에서 GO에 관한 모듈을 조사.

2005-12-05

• Scientists develop protein-sequence analysis tool -- Biology News Net

{{| Biochemists are interested in identifying "active sites" -- regions of proteins that determine their functions -- and learning how these sites differ between paralogs, proteins that have different functions that arose from a common ancestor. The new program, called CPDL for "conserved property difference locator," identifies positions where two related groups of proteins differ either in amino acid identity or in a property such as charge or polarity. |}}

• 'Dating agency' boosts hunt for disease genes -- Biology News Net

• The UK DNA Banking Network

{{| The DNA Network provides web access by registered researchers to detailed summaries of data on patients whose anonymity is assured. The researchers hone their hypotheses in collaboration with the clinicians who are the custodians of the samples provided by patients. The new collaborators then request top quality research materials from the DNA Network's archive. |}}

2005-12-03

Pancreatic cancer cell data를 [BASE]에 넣고, 분석하는 과정까지 완료!!!! 그동안 진행과정의 내용을 정리할 예정.

• Yale scientists decipher 'wiring pattern' of cell signaling networks -- Biology News Net

  • : Yale Univ.의 Snyder's Lab에서 Proteome MicroArray method를 이용하여, [ProteinKinase]의 target이 되는 [Protein]을 찾았다. 자세히 설명하자면, yeast cell에서 주요 [ProteinKinase]로 알려진 82개의 Kinase에 의해서 각각 변화되는 protein들을 [MicroArray]로 확인해 본것이다.

{{| "It was a little like having all the pieces of an airplane separated out, and not knowing how those pieces function together to create an airplane and make it fly," said Snyder. "We wanted to know how the tens of thousands of proteins coordinate to carry out complex processes such as growth, cell division and formation of complex cell types such as brain cells and intestinal cells." |}}

2005-12-02

local server에 [BASE]를 setting하고 있다. two-channle data를 넣고 분석하는 것까지 완성할 예정.

2005-12-01

12월의 첫날 눈이 온다. (내 생각에는 그냥 비와 우박이 섞여있는 것 같은데...)

CategoryWebLogTerra