Diff for "BASE" - BioHackersNet

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http://base.thep.lu.se

많은양의 MicroArray실험을 관리하면서 분석을 할수 있는 프로그램. 오프소스이며, 기반이되는 프로그램들도 오픈소스프로젝트 프로그램들임. MicroArray특성상 여러번의 실험을 하고, 다른 실험결과들 까지 다루게 되면 관리도 어려워질뿐만아니라 의미있는 데이터를 찾기가 어려워진다고.. 이럴때 필요한 프로그램.

/Install -- 우분투에 BASE 설치하기.
/Tips -- BASE에 관한 여러 TIP들.
/RPluginDispatcher
UsersGuide
http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- R과 연동이 가능한 plug-in을 제공

terra19님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- cyppi 2005-07-25 17:04:47

제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다. -- terra19

이용소감

: 전반적으로 MicroArray실험을 하는 과정의 흐름대로 정보를 기록하는 것과 동작속도가 빠른것, 수정이 용이한 것은 좋은 편이었지만, two-channel data에만 적합한 것과 분석을 하는 plugin이 부족한 것, 그리고 분석한 결과에서 내가 원하는 것을 찾아보는 기능에 있어서 부족한 점이 있었다. 분석을 위한것 보다는 실험을 하는 과정과 그 결과를 저장하는 측면에서는 좋은 프로그램이란 생각이 든다. -- terra19 2006-02-14 11:07:10

CategoryProgramBio

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  Editor: 128
  Comment:
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  Comment:
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- * BaseInstall -- 우분투에 BASE 설치하기.
 * [http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide UsersGuide]
+ * [[/Install]] -- 우분투에 BASE 설치하기.
 * [[/Tips]] -- BASE에 관한 여러 TIP들.
 * [[/RPluginDispatcher]]
 * [[http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide|UsersGuide]]
 * http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- [[R]]과 연동이 가능한 plug-in을 제공
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-''[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- ["cyppi"] [[DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)]]''
 ''제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다.'' -- ["terra19"]

=== AnswerMe ===
전반적인 upload내용에 관한 파악을 하려고, demodataupload란 file을 받아서 적용시켜 보려 하는데, 압축을 풀면 3개의 폴더가 나오고 그 중 2개는 mysql database로 생성했던 base와 basedynamic file과 동일하고, 나머지는 /usr/local/base/data folder와 일치하는 것이었습니다.제가 궁금한 것은 demo file을 어떻게 upload시킬 수 있나하는 것입니다. data folder는 그냥 overwrite하면 될것 같은 데, mysql db는 어떻게 merge시킬지  잘 모르겠네요... -- ["terra19"] [[DateTime(2005-10-12T02:55:09Z)]]

'''"folder info"'''

demo_data file        
            |-- base (mysql에 생성되어 있는 database)

            |-- basedynamic (mysql에 생성되어 있는 database)

            |-- data (/usr/local/base/ 밑에 존재하는 folder)
+''[[terra19]]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- [[cyppi]] <<DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)>>''
 ''제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다.'' -- [[terra19]]
'''이용소감'''
  : 전반적으로 MicroArray실험을 하는 과정의 흐름대로 정보를 기록하는 것과 동작속도가 빠른것, 수정이 용이한 것은 좋은 편이었지만, two-channel data에만 적합한 것과 분석을 하는 plugin이 부족한 것, 그리고 분석한 결과에서 내가 원하는 것을 찾아보는 기능에 있어서 부족한 점이 있었다. 분석을 위한것 보다는 실험을 하는 과정과 그 결과를 저장하는 측면에서는 좋은 프로그램이란 생각이 든다. -- [[terra19]] <<DateTime(2006-02-14T02:07:10Z)>>