Statistics package, graphic drawing tool

http://www.r-project.org

SASMatLab을 합쳐놓은 듯한 GNU license의 ProgrammingLanguage. 생물학자들을 위한 라이브러리 BioConductor가 있다.

BellLabsS language와 유사하며, S의 코드가 그대로 돌아간다.

다양한 통계모듈이 돌아간다. (linear and NonLinear modelling, classical statistical tests, TimeSeriesAnalysis, Clustering등등)

관련사이트

관련서적

관련포스트

기본적인 사용법

불러오기 텍스트 자료를 A 로 읽어 들이기 (첫 행이 header 이고, 각 요소에 맞게 입력된 txt문서,또는 엑셀에서 만들어진후 변화된 txt 문서)

  • A <- read.table("c:/My Docuemnts/A.txt", header = TRUE)

    • 확장자만 바꾸어 주면 Exel, SAS, SPSS... 등의 자료를 불러 들일 수 있다고 한다.

GRAPH 불러들인 자료 A에서 변수 a,b 를 사용한 코드

  • Box plot 예 ( 1, 2 는 읽는 방법만 다름, 결과 동일)
    • 1)

      x <- A$a y <- A$b plot(x, y, ...그외 option) 2) attach(A) plot(x, y, ...그외 option) detach(A)

    Histogram 예
    • attach(A) hist(a, xlab="Measured Level", main="Fig 1. Histogram of A") detach(A)
    Categorized 된 자료의 구룹별 빈도 그래프를 그리려면,
    • plot(x)
      • # x ; categorized 된 변수명

ANOVA

  • ANOVA 코드의 기본 골격......value a : continuous, value b : category
    • aov.A <- aov(sqrt(A$a) ~ A$b) print(aov.A) summary(aov.A)

      • # ~ 의 왼쪽이 Y, 오른쪽이 X

외부 파일에 있는 명령어 사용 source("경로 및 file명")

Console 결과를 ouput file로 만들기 sink("경로 및 file명")

  • aov.A <- aov(sqrt(A$a) ~ A$b) print(aov.A)

sink()

anova를 loop로 반복 작업시키고 결과 파일 만들기 여러 locus로 QTL 분석을 할 때 지루한 반복 작업을 줄일 수 있다. 불러들인 파일 A에 X1~X3 까지의 loci genotype이 있고, 연속 변수 V1이 있을때, 각 loci와 V1간의 QTL 분석 반복하는 코드 컴맹이 이거 만드느라고 엄청 고생했다. 혹시 더 좋은 코드가 있으면 가르쳐 주세요. 특히 list 부분에서...

k <- list(A$X1, A$X2, A$X3)

sink("c:/R/result.txt") for (x in k)

  • {aov.A <- aov(sqrt(x) ~ A$V1) print(aov.A)}

sink()

R FAQ

Operator 가 뭡니까? 메뉴얼에 아래 처럼 나와 있는데 그 정확한 의미가 무었인지?............. DrPepper

R allows the use of arithmetic expressions using operators similar to those of the C programming 
language, for instance 
> 1 + 2 
3 

Expressions can be grouped using parentheses, mixed with function calls, and assigned 
to variables in a straightforward manner 
> y <- 2 * (a + log(x)) 
  • Operator란 연산자입니다. (+, -, *, 등등...) 윗 예에서 Cee언어의 연산자랑 비슷하다는 얘기는 즉, 더할려면 + 를, 곱할려면 * 를 쓰라는 의미이고, 그 밑 문단은 소괄호로 우선순위가 지어지고, 함수와도 같이 연결해서 쓸수 있다는 의미입니다.... --yong27, 2005-02-03


http://www.r-project.org/ 에 가면 중간 아래에 큼직하게 R version 2.0.1 이 있어서 다운 받아 다시 깔려고 했더니 좀 이상하네요. insterller 같은 것도 없고, 그냥 압축 파일인데 압축을 풀어도 실행 파일도 안 보이네요. 어떻게 해야 깔아서 실행시키지요?.....DrPepper

  • 프로그램 소스파일입니다. 원하는 OperatingSystem에 컴파일하여 쓰실 수 있습니다. Win32용 컴파일방법도 readme에 있네요. 어쨌건 컴파일하려면 비주얼스튜디오같은 컴파일러가 있어야하고요, 그냥 첫페이지의 다운로드 링크를 따라가시면, 윈도우용 컴파일된 파일을 구하실 수 있습니다. --yong27, 2005-02-18


관련로그

CentOS yum에는 R이 없구나. 직접 설치중. 설치전 필요한 패키지들

yum install libgfortran gcc-gfortran readline-devel libX11-devel libXt-devel

-- yong27 2012-08-22 15:38:17


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R (last edited 2012-08-24 11:30:54 by 182)

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