Diff for "BASE" - BioHackersNet

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http://base.thep.lu.se

많은양의 MicroArray실험을 관리하면서 분석을 할수 있는 프로그램. 오프소스이며, 기반이되는 프로그램들도 오픈소스프로젝트 프로그램들임. MicroArray특성상 여러번의 실험을 하고, 다른 실험결과들 까지 다루게 되면 관리도 어려워질뿐만아니라 의미있는 데이터를 찾기가 어려워진다고.. 이럴때 필요한 프로그램.

/Install -- 우분투에 BASE 설치하기.
/Tips -- BASE에 관한 여러 TIP들.
/RPluginDispatcher
UsersGuide
http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- R과 연동이 가능한 plug-in을 제공

[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- cyppi 2005-07-25 17:04:47

제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다. -- terra19

이용소감

: 전반적으로 MicroArray실험을 하는 과정의 흐름대로 정보를 기록하는 것과 동작속도가 빠른것, 수정이 용이한 것은 좋은 편이었지만, two-channel data에만 적합한 것과 분석을 하는 plugin이 부족한 것, 그리고 분석한 결과에서 내가 원하는 것을 찾아보는 기능에 있어서 부족한 점이 있었다. 분석을 위한것 보다는 실험을 하는 과정과 그 결과를 저장하는 측면에서는 좋은 프로그램이란 생각이 든다. -- terra19 2006-02-14 11:07:10

CategoryProgramBio

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  Comment:
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 Line 8:
- * BaseInstall -- 우분투에 BASE 설치하기.
 * [http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide UsersGuide]
+ * [[/Install]] -- 우분투에 BASE 설치하기.
 * [[/Tips]] -- BASE에 관한 여러 TIP들.
 * [[/RPluginDispatcher]]
 * [[http://opensource.microarray.omrf.org/wiki/bin/view/BASE/BASEdBUsersGuide|UsersGuide]]
 * http://www.lcb.uu.se/baseplugins.php -- [[R]]과 연동이 가능한 plug-in을 제공
-Line 11:
+Line 14:
-''[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- ["cyppi"] [[DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)]]''
 ''제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다.'' -- ["terra19"]
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=== Tips ===
1. plug-in의 application software가 실행되지 않을때

{{{ 
vi /usr/local/base/config.inc.php

$config["mysql.localinfile"]=0;에서 0을 1로 바꾼다.

/usr/local/base/bin/base.server start

만약 이렇게해도 안되면,

mysql에서 base database에 있는 Job table의 내용들을 삭제한 후 재시작.

delete from Job;
}}}
+''[terra19]님이 제게 알려주셨습니다. 약간 살펴봤는데, 상당히 많은 기능이 있는거 같습니다. -- [[cyppi]] <<DateTime(2005-07-25T08:04:47Z)>>''
 ''제가 실험실에 셋팅하고자 하는 시스템의 벤치마커로 생각하고 있습니다.'' -- [[terra19]]
'''이용소감'''
  : 전반적으로 MicroArray실험을 하는 과정의 흐름대로 정보를 기록하는 것과 동작속도가 빠른것, 수정이 용이한 것은 좋은 편이었지만, two-channel data에만 적합한 것과 분석을 하는 plugin이 부족한 것, 그리고 분석한 결과에서 내가 원하는 것을 찾아보는 기능에 있어서 부족한 점이 있었다. 분석을 위한것 보다는 실험을 하는 과정과 그 결과를 저장하는 측면에서는 좋은 프로그램이란 생각이 든다. -- [[terra19]] <<DateTime(2006-02-14T02:07:10Z)>>