BioPythonFaq about GenBank.

Contents

  1. 웹에서 GenBank 문서를 획득할때
  2. GenBank 문서의 파싱
  3. GenBank Peptide Parsing 버그

웹에서 GenBank 문서를 획득할때

Q. NCBIDictionary 클래스를 이용하여, db가 Protein인 문서를 가져오려고 하면, 에러가 발생합니다. 

ncbi_dict = GenBank.NCBIDictionary()

A. 그럴때는 위의 클래스에 database='Protein'을 인수로 넘겨줍니다. 

ncbi_dict = GenBank.NCBIDictionary(database='Protein')

GenBank 문서의 파싱

Q. Genbank 파싱할때, db가 Protein이면 에러가 납니다. [BioPythonTutorial/CookBook/GenBank] 페이지 중반에 소개되는 에러입니다. 이럴때 해결할 수 있는 방법은 무엇입니까?

A. 이것은 Biopython 에 아직 Protein 을 다루는 기능이 없기 때문입니다. (2001.9.17 현재) GenBank file을 parsing 할 때 일으키는 각종 에러들에 대해서는 좀 더 상세한 정보를 보는 방법이 있습니다. "python2x\Bio\GenBank\init.py(GenBank)" 에서 FeatureParser 나 RecordParser 가 어디에서 문제를 일으키는지는 "debug_level = 2" 로 두면 볼 수 있습니다. 디폴트는 "debug_level = 0" 이군요. 이걸 보면 에러나는 곳이 NID (nucleotide ID) 를 찾는 곳인데, PID (Protein ID)가 나와서 에러가 납니다.

GenBank Peptide Parsing 버그

Q. 이 기능이 아직 완벽하지 못한 것 같습니다. ParserPositionException: error parsing at or beyond character xxx 이런식의 에러가 여러 군데서 납니다. try except 문으로 처리해보면 parsing 이 제대로 되는 것도 있고 안되는 것도 있습니다.

  • 파서를 FeatureParser가 아닌 RecordParser를 썼더니, 에러나는것도 있고 안나는것도 있더라고요. FeatureParser는 거의 에러고... 저도 try except로 감싼 후, 되는넘들만 써먹었습니다. --yong27

A.

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