BioPython 설치하기.

BioPython설치를 위해서 당근 [Python]이 필요하며, MxExtension, NumericPython, ReportLab이 설치되어 있어야 한다.

Contents

  1. In [Linux]/[Unix]
    1. [Python]설치
    2. MxExtension
    3. NumericPython
    4. ReportLab
    5. BioPython
  2. In [NT]/Windows
    1. [Python]
    2. MxExtension
    3. NumericPython
    4. ReportLab
    5. BioPython
    6. BioPythonInstall on SunSparc

In [Linux]/[Unix]

[Python]설치

http://www.python.org/2.2.1/ 페이지의 중간부분에 All others : Python-2.2.1.tgz 를 다운로드 받는다. 보통 [Linux]패키지에는 버젼 1.5가 설치되어있는데, 일단 설치한후 이후에 두개버젼을 같이 사용한다. 

# tar zxvf Python-2.2.1.tgz
# cd Python-2.2.1
# ./configure
# make
# make install
# cp /usr/bin/python /usr/bin/python1.5
# cp /usr/local/bin/python /usr/bin/python

이전버젼은 /usr/bin/python 으로 존재한다. 따라서 /usr/bin/python1.5 로 복사본을 만든후, 새로설치된경로(/usr/local/bin)에 있던 python실행파일을 /usr/bin 밑으로 복사한다. 향후 버젼 1.5를 쓰고싶으면 쉘에서 python1.5를 입력하면 된다.

MxExtension

http://www.lemburg.com/files/python/eGenix-mx-Extensions.html#mxBASE 페이지 중간 이후에 egenix-mx-base-2.0.4.tar.gz (all platforms, C compiler, 1.5.2, 2.0, 2.1, 2.2.x) 파일을 다운로드 받아 설치. 

# tar zxvf egenix-mx-base-2.0.4.tar.gz
# cd egenix-mx-base-2.0.4
# python setup.py install

NumericPython

http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=1369&release_id=107635 페이지에서, Numeric-22.0.tar.gz 파일을 다운로드 받아 설치한다. 

# tar zxvf Numeric-22.0.tar.gz
# cd Numeric-22.0
# python setup.py install

ReportLab

http://www.reportlab.org/downloads.html 페이지에서 ReportLab_1_15.tgz를 다운로드받아 압축풀고 복사한다. 

# tar zxvf ReportLab_1_15.tgz
# cp -r reportlab /usr/local/lib/python2.2/site-packages/

BioPython

http://www.biopython.org/download/ 페이지에서 biopython-1.00a4.tar.gz 를 다운로드받아 설치한다. 

# tar zxvf biopython-1.00a4.tar.gz
# cd biopython-1.00a4
# python setup.py build
# python setup.py install

In [NT]/Windows

윈도우의 경우, 그냥 설치프로그램 다운로드받아서 실행하면 된다. 가능한 최신의 버젼을 사용하도록한다.

[Python]

http://www.python.org/2.2.1/ 페이지의 Python-2.2.1.exe 를 다운로드받아 실행

MxExtension

http://www.lemburg.com/files/python/eGenix-mx-Extensions.html#mxBASE 페이지 중간 이후에 egenix-mx-base-2.0.4.win32-py2.2.exe (Windows installer, Python 2.2.x) 를 다운로드 받아 실행

NumericPython

http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=1369&release_id=107635 페이지에서, Numeric-22.0.win32-py2.2.exe 을 다운로드받아 실행한다.

ReportLab

http://www.reportlab.org/downloads.html 페이지에서 ReportLab_1_15.zip 를 다운로드 받아 압축을 풀면 reportlab이란 디렉토리가 나온다. 이 디렉토리 자체를 C:\python22\Lib\site-packages 밑으로 복사한다.

BioPython

http://www.biopython.org/download/ 페이지에서 biopython-1.00a4.win32-py2.2.exe 를 다운로드받아 설치한다.

SeeAlso InstallBioPython

BioPythonInstall on SunSparc

기본적으로 필요한 MxExtension, NumericPython, ReportLab 은 깔리는데, BioPython 이 설치가 되질 않습니다. 그래서 C/C++ library를 바꾸어 줘야 합니다. 설치한 운영체제가 SunOS 5.8 그러니까 Solaris 2.8이었습니다. c++ 에러가 나길래 GNU C 를 깔고 다시 설치. 몇가지 불평사항이 나오긴 하지만, 깔립니다.

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