BioPythonTip/Www - BioHackersNet

이 모듈은 WebProgramming의 형태로 NCBI및 각종 기관에서 제공하는 서비스를 용이하게 써먹기 위한 모듈이다.

Contents

NCBI

NCBI

다음의 함수들을 사용할 수 있다.

query : Query Entrez.
pmfetch : Retrieve results using a unique identifier.
pmqty : Search PubMed.
pmneighbor : Return a list of related articles for a PubMed entry.

직접 검색 query한 후 바로 FastaFormat형태의 결과를 얻을 수가 없는데 아래의 방법으로 해결할 수 있다.

<pre>테그만 파싱

   1 from Bio.WWW import NCBI 
   2 from HTMLParser import HTMLParser 
   3 
   4 class PreTagParser(HTMLParser): 
   5     def __init__(self): 
   6         HTMLParser.__init__(self) 
   7         self.fasta = '' 
   8     def handle_data(self, data): 
   9         if data[0] != '>': return 
  10         self.fasta += data 
  11 
  12 def queryToNcbi(): 
  13     queryResult=NCBI.query('Search', 'Nucleotide', 
  14                            term='Cypripedioideae', doptcmdl='FASTA') 
  15     return queryResult 
  16 
  17 parser = PreTagParser() 
  18 parser.feed(queryToNcbi().read()) 
  19 a = parser.fasta 
  20 parser.close() 
  21 print a

pmqty후 pmfetch하기

   1 from Bio.WWW import NCBI 
   2 
   3 def searchId(): 
   4     queryResult=NCBI.pmqty('Nucleotide', 'Cypripedioideae', mode='txt') 
   5     return queryResult 
   6 
   7 def getFasta(aId): 
   8     fetchResult=NCBI.pmfetch('Nucleotide', aId, report='fasta') 
   9     return fetchResult 
  10 
  11 def queryToNcbi(): 
  12     result='' 
  13     idList = searchId().read().split() 
  14     for id in idList: 
  15         result += getFasta(id).read() 
  16     return result 
  17 
  18 if __name__=='__main__': 
  19     print queryToNcbi()