RelationalDatabase language SQL for Bioinformatics in OBDA

http://www.biosql.org

관련정보

• BioPython에서의 활용

• Building MedlineDB

• ERD.pdf

MySQL 5.5에서는 TYPE=INNODB 를 ENGINE=INNODB 로 변경하고 해야함 -- yong27 2012-07-24 11:27:52

INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다. 혹은 --download=true 옵션을 적어줘야 한다.

-- yong27 2008-06-16 17:04:52

BioPython에서 사용하려면, python-bipython-sql 패키지를 추가로 설치해야 한다.

BioPython 의 BioSQL 에 이상이 있다. 아래처럼 수정하면 동작하긴 한다. (_BioSQL이 원래디렉토리, 이거 관리를 하고 있긴 한거야?)

   1 diff _BioSQL/DBUtils.py BioSQL/DBUtils.py
   2 23c23
   3 <         sql = r"select max(%s_id) from %s" % table
   4 ---
   5 >         sql = r"select max(%s_id) from %s" % (table, table)
   6 33,34c33,35
   7 <     def last_id(self, cursor, table):
   8 <         return cursor.insert_id()
   9 ---
  10 >     #def last_id(self, cursor, table):
  11 >     #    return cursor.insert_id()
  12 >     pass
  13 diff _BioSQL/Loader.py BioSQL/Loader.py
  14 242a243
  15 >          %s,

특정 종(Homo sapiens)의 트리정보를 루트부터 순서대로 보는 SQL

SELECT n.name, b.node_rank FROM taxon_name n, taxon a
        JOIN taxon b
        ON (a.left_value < b.right_value AND a.left_value > b.left_value)
        JOIN taxon_name
        ON a.taxon_id = taxon_name.taxon_id
WHERE taxon_name.name = 'Homo sapiens'
        AND b.taxon_id = n.taxon_id
        AND n.name_class = 'scientific name'
        AND b.node_rank != 'no rank'
ORDER BY b.left_value

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