Diff for "BioSQL" - BioHackersNet

Differences between revisions 6 and 17 (spanning 11 versions)

RelationalDatabase language SQL for Bioinformatics in OBDA

http://www.biosql.org

관련정보

MySQL 5.5에서는 TYPE=INNODB 를 ENGINE=INNODB 로 변경하고 해야함 -- yong27 2012-07-24 11:27:52

INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다. 혹은 --download=true 옵션을 적어줘야 한다.

-- yong27 2008-06-16 17:04:52

BioPython에서 사용하려면, python-bipython-sql 패키지를 추가로 설치해야 한다.

BioPython 의 BioSQL 에 이상이 있다. 아래처럼 수정하면 동작하긴 한다. (_BioSQL이 원래디렉토리, 이거 관리를 하고 있긴 한거야?)

   1 diff _BioSQL/DBUtils.py BioSQL/DBUtils.py
   2 23c23
   3 <         sql = r"select max(%s_id) from %s" % table
   4 ---
   5 >         sql = r"select max(%s_id) from %s" % (table, table)
   6 33,34c33,35
   7 <     def last_id(self, cursor, table):
   8 <         return cursor.insert_id()
   9 ---
  10 >     #def last_id(self, cursor, table):
  11 >     #    return cursor.insert_id()
  12 >     pass
  13 diff _BioSQL/Loader.py BioSQL/Loader.py
  14 242a243
  15 >          %s,

특정 종(Homo sapiens)의 트리정보를 루트부터 순서대로 보는 SQL

SELECT n.name, b.node_rank FROM taxon_name n, taxon a
        JOIN taxon b
        ON (a.left_value < b.right_value AND a.left_value > b.left_value)
        JOIN taxon_name
        ON a.taxon_id = taxon_name.taxon_id
WHERE taxon_name.name = 'Homo sapiens'
        AND b.taxon_id = n.taxon_id
        AND n.name_class = 'scientific name'
        AND b.node_rank != 'no rank'
ORDER BY b.left_value

CategoryProgramLibrary

-  ⇤ ← Revision 6 as of 2008-06-19 11:08:26 → 
  Size: 662
  Editor: 211
  Comment:
+   ← Revision 17 as of 2012-11-13 20:04:08 → ⇥
  Size: 2150
  Editor: 182
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 2:
-RelationalDatabase language [SQL] for [Bioinformatics] in [OBDA]
+RelationalDatabase language [[SQL]] for [[Bioinformatics]] in [[OBDA]]
 Line 6:
-See v1.2 Uploads:biosql_schema.pdf
+관련정보
 * [[http://biopython.org/wiki/BioSQL|BioPython에서의 활용]] 
 * [[https://alliance.seas.upenn.edu/~datamine/wiki/index.php?title=Building_MedlineDB|Building MedlineDB]]
 * [[http://nebc.nerc.ac.uk/downloads/scripts/biosql/biosql-ERD.pdf|ERD.pdf]]
-Line 9:
+Line 12:
-INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다.
+MySQL 5.5에서는 TYPE=INNODB 를 ENGINE=INNODB 로 변경하고 해야함 -- [[yong27]] <<DateTime(2012-07-24T11:27:52+0900)>>
-Line 11:
+Line 14:
--- ["yong27"] [[DateTime(2008-06-16T08:04:52Z)]]
-Line 13:
+Line 15:
-  ''--download=true 옵션을 적어줘야 하나보더라. ''
+INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다.  혹은 --download=true 옵션을 적어줘야 한다.

-- [[yong27]] <<DateTime(2008-06-16T08:04:52Z)>>
-Line 16:
+Line 20:
+----
BioPython 의 BioSQL 에 이상이 있다. 아래처럼 수정하면 동작하긴 한다. (_BioSQL이 원래디렉토리, 이거 관리를 하고 있긴 한거야?)
{{{#!diff
diff _BioSQL/DBUtils.py BioSQL/DBUtils.py
23c23
<         sql = r"select max(%s_id) from %s" % table
---
>         sql = r"select max(%s_id) from %s" % (table, table)
33,34c33,35
<     def last_id(self, cursor, table):
<         return cursor.insert_id()
---
>     #def last_id(self, cursor, table):
>     #    return cursor.insert_id()
>     pass
diff _BioSQL/Loader.py BioSQL/Loader.py
242a243
>          %s,
}}}

----
특정 종(Homo sapiens)의 트리정보를 루트부터 순서대로 보는 [[SQL]]

{{{
SELECT n.name, b.node_rank FROM taxon_name n, taxon a
        JOIN taxon b
        ON (a.left_value < b.right_value AND a.left_value > b.left_value)
        JOIN taxon_name
        ON a.taxon_id = taxon_name.taxon_id
WHERE taxon_name.name = 'Homo sapiens'
        AND b.taxon_id = n.taxon_id
        AND n.name_class = 'scientific name'
        AND b.node_rank != 'no rank'
ORDER BY b.left_value
}}}