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| INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다. | INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다. 혹은 --download=true 옵션을 적어줘야 한다. |
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| ''--download=true 옵션을 적어줘야 하나보더라. '' |
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| ---- BioPython 의 BioSQL 에 이상이 있다. 아래처럼 수정하면 동작하긴 한다. (_BioSQL이 원래디렉토리, 이거 관리를 하고 있긴 한거야?) {{{#!diff diff _BioSQL/DBUtils.py BioSQL/DBUtils.py 23c23 < sql = r"select max(%s_id) from %s" % table --- > sql = r"select max(%s_id) from %s" % (table, table) 33,34c33,35 < def last_id(self, cursor, table): < return cursor.insert_id() --- > #def last_id(self, cursor, table): > # return cursor.insert_id() > pass diff _BioSQL/Loader.py BioSQL/Loader.py 242a243 > %s, }}} |
RelationalDatabase language [SQL] for [Bioinformatics] in [OBDA]
See v1.2 biosql_schema.pdf
INSTALL 문서대로 설치하다보면, load_ncbi_taxonomy.pl 스크립트가 동작하지 않는다. FTP로 다운로드 받는 과정에서 오류가 생긴 듯. 직접 받아다가 해당 경로에 넣어두면 제대로 동작한다. 혹은 --download=true 옵션을 적어줘야 한다.
-- ["yong27"] DateTime(2008-06-16T08:04:52Z)
BioPython에서 사용하려면, python-bipython-sql 패키지를 추가로 설치해야 한다.
BioPython 의 BioSQL 에 이상이 있다. 아래처럼 수정하면 동작하긴 한다. (_BioSQL이 원래디렉토리, 이거 관리를 하고 있긴 한거야?)
1 diff _BioSQL/DBUtils.py BioSQL/DBUtils.py
2 23c23
3 < sql = r"select max(%s_id) from %s" % table
4 ---
5 > sql = r"select max(%s_id) from %s" % (table, table)
6 33,34c33,35
7 < def last_id(self, cursor, table):
8 < return cursor.insert_id()
9 ---
10 > #def last_id(self, cursor, table):
11 > # return cursor.insert_id()
12 > pass
13 diff _BioSQL/Loader.py BioSQL/Loader.py
14 242a243
15 > %s,