PdbFormat을 3차원으로 보여주는 프로그램
Chime
RasMol이 PC내에 있는 파일만을 볼 수 있는데 비해여 Chime는 웹상에서 직접 웹브라우져를 이용하여 볼 수 있다. 위 그림은 MS Explore를 사용하여 DNA를 본것이다. ver 1.0은 netscape 3.0에서만 실행이 가능하지만, ver 2.0은 netscape 4.0과 explore 4.0에서도 실행이 가능하다. 메뉴조작방법은 마우스 오른쪽 버튼을 사용한 Pop-menu를 이용한다.
일반메뉴
- File : Save molucule as..(보고있는 molucule를 pdb형태로 자신의 PC에 저장)
- Edit : copy(보고있는 molucule를 클립보드로 복사) transfer to ISIS draw (보고있는 molucule를 ISIS draw라는 유기화학식 그려주는 프로그램으로 exprot) transfer to Sculpt (sculpt라는 프로그램으로 export)
- 2D rendering : 현재 보고있는 화면을 2D로 전환
- Rotate : 현재화면을 rotation
- Display : 보고있는 molucule의 구조형태를 바꿈. Rasmol의 display 메뉴와 동일
- Option : display hydrogens(수소원자를 표시) display hydrogen bond(수소결합을 점선으로 표시) display disulfide bridge(S-S bridge를 점선으로 표시) slab mode(분자의 중간을 잘랐을 때 앞면만 display) specular(광택) label(각 원자마다 label을 붙임) stereo display (화면 두 개를 띄움, 매직아이보듯이 보면 더 실감나게 보임)
Select - 특별히 보고자 하는 부위를 선택하여 강조할 때
- Select all : 모든부위를 선택
- Highlight Selection : 선택한 부위를 강조
- Invert selection : 현재 선택하지 아니한 모든 부위를 선택 (역선택)
- Mouse selection mode : 선택하는 부위을 지정 (전체, 원자, bond, chain, residue)
- Change color to : 선택한 부위의 색을 지정
- Modify selection mode : 반복해서 선택할때의 설정을 지정
- replace selection : 다른부위를 선택하면 전에 선택한 부위가 새것으로 대체
- add to selection : 새 부위가 전에 선택한 부위에 더해짐
- add common to selection : 전에 선택한 부위는 그대로 두고 다음을 선택
- substract from selection : 전에 선택한 부위중에 있는것만 선택
- Chain : subunit를 선택
- Residue : 아미노산별로 선택
- Atom : 원자별로 선택
- Predefined : 미리 지정되있는 부위를 선택 (예: hydrophobic, helix, aromatic, aliphatic 등)