DigitIntegratesGeneIdentificationTools. AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene.

• http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/what_is_digit.cgi

• 12603043

Algorithm

1. Genome sequence 에 대해 Fgenesh, GenScan, HmmGene를 각각 수행한다.

2. 가능한 모든 exon들에 대해 각각 reading frame과 score를 부여한다.

3. 각 reading frame 하에서 exon의 집합의 score가 최대가 되는 집합을 찾는다. BayesianInference를 이용하여 score를 계산하고, HMM을 이용하여 exon 집합을 검색한다.

5Mbps미만의 서열에 대해 웹상에서 분석결과를 제공한다. (RepeatMasker "-l" 옵션으로 repeat제거된 상태여야함)

CategoryProgramBio