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Differences between revisions 2 and 5 (spanning 3 versions)

DigitIntegratesGeneIdentificationTools. AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene.

[Algorithm]

[Genome] sequence 에 대해 [Fgenesh], GenScan, HmmGene를 각각 수행한다.
가능한 모든 exon들에 대해 각각 reading frame과 score를 부여한다.
각 reading frame 하에서 exon의 집합의 score가 최대가 되는 집합을 찾는다. BayesianInference를 이용하여 score를 계산하고, [HMM]을 이용하여 exon 집합을 검색한다.

5Mbps미만의 서열에 대해 웹상에서 분석결과를 제공한다. (RepeatMasker "-l" 옵션으로 repeat제거된 상태여야함)

-  ⇤ ← Revision 2 as of 2006-03-24 23:23:02 → 
  Size: 245
  Editor: 127
  Comment:
+   ← Revision 5 as of 2011-08-03 11:01:07 → ⇥
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 Line 1:
-AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene.
+DigitIntegratesGeneIdentificationTools. AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene.
 Line 3:
-http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/what_is_digit.cgi
+ * http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/what_is_digit.cgi
 * PubMed:12603043
-Line 5:
+Line 6:
-PubMed:12603043
+[Algorithm]
 1. [Genome] sequence 에 대해 [Fgenesh], GenScan, HmmGene를 각각 수행한다.
 1. 가능한 모든 exon들에 대해 각각 reading frame과 score를 부여한다.
 1. 각 reading frame 하에서 exon의 집합의 score가 최대가 되는 집합을 찾는다. BayesianInference를 이용하여 score를 계산하고, [HMM]을 이용하여 exon 집합을 검색한다.

5Mbps미만의 서열에 대해 웹상에서 분석결과를 제공한다. (RepeatMasker "-l" 옵션으로 repeat제거된 상태여야함)