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| AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene. | DigitIntegratesGeneIdentificationTools. AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene. |
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| http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/what_is_digit.cgi | * http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/what_is_digit.cgi * PubMed:12603043 |
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| PubMed:12603043 | [[Algorithm]] 1. [[Genome]] sequence 에 대해 [[Fgenesh]], GenScan, HmmGene를 각각 수행한다. 1. 가능한 모든 exon들에 대해 각각 reading frame과 score를 부여한다. 1. 각 reading frame 하에서 exon의 집합의 score가 최대가 되는 집합을 찾는다. BayesianInference를 이용하여 score를 계산하고, [[HMM]]을 이용하여 exon 집합을 검색한다. 5Mbps미만의 서열에 대해 웹상에서 분석결과를 제공한다. (RepeatMasker "-l" 옵션으로 repeat제거된 상태여야함) |
DigitIntegratesGeneIdentificationTools. AbInitio [Gene]-finder that finds genes by combining GenePrediction from multiple AbInitio gene-finders such as [Fgenesh], GenScan, HmmGene.
- 가능한 모든 exon들에 대해 각각 reading frame과 score를 부여한다.
각 reading frame 하에서 exon의 집합의 score가 최대가 되는 집합을 찾는다. BayesianInference를 이용하여 score를 계산하고, HMM을 이용하여 exon 집합을 검색한다.
5Mbps미만의 서열에 대해 웹상에서 분석결과를 제공한다. (RepeatMasker "-l" 옵션으로 repeat제거된 상태여야함)