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Comment: DOCK6 페이지를 DOCK로 이름변경. 버전별 차이점을 쉽게 확인하기 위해
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http://dock.compbio.ucsf.edu/ 현재 version DOCK 6 가 release되었고, academic version은 free이면서 많이 사용하고 있으며, 이 프로그램을 이용하여 실제 활성이 좋은 compound를 찾아낸 사례도 있다. multiple ligand screening에 사용가능. 5.0 이상의 version에서는 solvation state을 고려하는 GB/SA scoring function이 도입되었다. == DOCK5.4 == 5.2 version과의 큰차이는 없음. Receptor가 [Protein]이냐 NucleicAcid 냐에 따라 GB/SA score를 결정할 시에 Van der Waals, GB value, surface area, del_SA_hp의 coefficient가 다르게 적용되어야 한다. Reference:JACS,1999,121,8033 and Biopolymer,2004,73,192 - [ghost] == DOCK6 == PB/SA scoring function, AMBER scoring-including receptor flexibility 등등 전 버전에 비해 추가된 내용이 많다. 엄청 기대된다. - [ghost] |
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| * additional scoring options during minimization * DOCK 3.5 scoring-including Delphi electrostatics * Ligand conformational entropy corrections * Ligand desolvation * Receptor desolvation * Hawkins-Cramer-Truhlar GB/SA solvation scoring with optional salt screening * PB/SA solvation scoring : Require Openeye's ZAP * AMBER scoring-including receptor flexibility |
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| * additional scoring options during minimization * DOCK 3.5 scoring-including Delphi electrostatics * Ligand conformational entropy corrections * Ligand desolvation * Receptor desolvation * Hawkins-Cramer-Truhlar GB/SA solvation scoring with optional salt screening * PB/SA solvation scoring : Require Openeye's ZAP * AMBER scoring-including receptor flexibility |
---- CategoryProgramBio |
현재 version DOCK 6 가 release되었고, academic version은 free이면서 많이 사용하고 있으며, 이 프로그램을 이용하여 실제 활성이 좋은 compound를 찾아낸 사례도 있다. multiple ligand screening에 사용가능. 5.0 이상의 version에서는 solvation state을 고려하는 GB/SA scoring function이 도입되었다.
DOCK5.4
5.2 version과의 큰차이는 없음. Receptor가 [Protein]이냐 NucleicAcid 냐에 따라 GB/SA score를 결정할 시에 Van der Waals, GB value, surface area, del_SA_hp의 coefficient가 다르게 적용되어야 한다. Reference:JACS,1999,121,8033 and Biopolymer,2004,73,192 - [ghost]
DOCK6
PB/SA scoring function, AMBER scoring-including receptor flexibility 등등 전 버전에 비해 추가된 내용이 많다. 엄청 기대된다. - [ghost]
[http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm DOCK6]
Features
- additional scoring options during minimization
- DOCK 3.5 scoring-including Delphi electrostatics
- Ligand conformational entropy corrections
- Ligand desolvation
- Receptor desolvation
- Hawkins-Cramer-Truhlar GB/SA solvation scoring with optional salt screening
- PB/SA solvation scoring : Require Openeye's ZAP
- AMBER scoring-including receptor flexibility