대표적인 StrcutureBasedVirtualScreening용 docking 프로그램

http://dock.compbio.ucsf.edu/

현재 version DOCK 6 가 release되었고, academic version은 free이면서 많이 사용하고 있으며, 이 프로그램을 이용하여 실제 활성이 좋은 compound를 찾아낸 사례도 있다. multiple ligand screening에 사용가능. 5.0 이상의 version에서는 solvation state을 고려하는 GB/SA scoring function이 도입되었다.

DOCK5.4

5.2 version과의 큰차이는 없음. Receptor가 [Protein]이냐 NucleicAcid 냐에 따라 GB/SA score를 결정할 시에 Van der Waals, GB value, surface area, del_SA_hp의 coefficient가 다르게 적용되어야 한다. Reference:JACS,1999,121,8033 and Biopolymer,2004,73,192 - [ghost]

DOCK6

PB/SA scoring function, AMBER scoring-including receptor flexibility 등등 전 버전에 비해 추가된 내용이 많다. 엄청 기대된다. - [ghost]

DOCK6

Features

• additional scoring options during minimization
• DOCK 3.5 scoring-including Delphi electrostatics
• Ligand conformational entropy corrections
• Ligand desolvation
• Receptor desolvation
• Hawkins-Cramer-Truhlar GB/SA solvation scoring with optional salt screening
• PB/SA solvation scoring : Require Openeye's ZAP
• AMBER scoring-including receptor flexibility

CategoryProgramBio