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 * [[http://gist.github.com/yong27/5873098|geo_downloader.py]] by [[yong27]]  * [[http://yong27.biohackers.net/s2/17/geo-batch-download/|GEO 데이터 일괄 다운로드]] by [[yong27]]

GeneExpressionOmnibus

http://www.ncbi.nih.gov/geo

NCBI에서 운영하는 HighThroughPut Gene Expression Database.

각종 MicroArray, SAGE, MassSpectrometry등의 발현데이터들을 등록하거나, 검색할 수 있다. 데이터는 크게 세가지로 구분된다.

  • Platform : 발현데이터의 템플릿 (예, chip 데이터정보)
  • Sample : 해당 platform에서 수행한 특정 sample의 발현정보
  • Series : 연관된 sample들로 이루어진 group

데이터등록은 SOFT라는 포맷을 이용한다.

관련자료

CategoryDatabase

GEO (last edited 2014-09-20 13:15:47 by 39)

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