GenMAPP : Gene MicroArray Pathway Profiler MicroArray data의 분석결과를 가지고 생물학자들에 의해 이미 밝혀진 여러 BiologicalPathway대입하는 방식으로 data의 의미를 파악할 수 있게 해주는 tool.

  • GenMAPP, MAPPFinder(MappFinder), MAPPBuilder의 3개 프로그램으로 구성되어 있다.

  • GenMAPP - expression data를 MAPP file에 대입해서 비주얼하게 볼 수 있게 해주는 software.
  • MAPPBuilder - 새로운 MAPP file을 edit 할 수 있는 software.

  • MAPPFiner - MicroArray data를 통계적인 방법으로 어떤 GeneOntology term이 중요한 변화가 일어났는지 확인할 수 있는 software. GenMAPP과 연동됨.

    • Compatibility : Windows 98, XP, NT and 2000, and Server.

Definition

The GenMAPP package allows users to visualize MicroArray and Proteomics data in the context of BiologicalPathway, summarize the distribution of genes/proteins along GeneOntology groups (MappFinder), and convert lists of genes/proteins into a pathway compatible format (MAPPBuilder).

사용방법

자세한 사용방법은 [http://www.genmapp.org/GenMAPPHelp2/GenMAPP.htm tutorial]에서 확인하시고, 지금부터의 내용은 [terra19]가 실제로 사용하면서 익힌 내용을 서술형식으로 작성한 것 입니다.

  • 보통 MicroArray data를 분석하면, P value와 fold change값을 구하게 됩니다. GenMAPP에서는

attachment:ArrayData.gif

  • 이렇게, 텍스트화일로 작성을 해서 "C:\GenMAPP 2 Data\Expression Datasets"에 넣습니다.(default로 깔았을때의 경로)

실행방법

  1. GenMAPP 프로그램을 실행 시킨다음 우선적으로 menu bar에서 data-->Choose Gene Database를 클릭한 후, 어떤 database를 이용할지 선택합니다.

    • MicroArray data가 어떤 종(human, mouse, fly)인지와 연관이 있고, 서버에서 다운 받아야 합니다.

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